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- PDB-1gu3: CBM4 structure and function -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gu3
タイトルCBM4 structure and function
要素ENDOGLUCANASE C
キーワードCARBOHYDRATE-BINDING MODULE / CARBOHYDRATE BINDING MODULE / CBM / GLUCAN / CELLULOSE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 1. / Cellulase N-terminal ig-like domain / Cellulase, Ig-like domain / Glycoside hydrolase family 9, His active site / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 2. / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Carbohydrate-binding, CenC-like ...Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 1. / Cellulase N-terminal ig-like domain / Cellulase, Ig-like domain / Glycoside hydrolase family 9, His active site / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 2. / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Galactose-binding domain-like / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Jelly Rolls / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellopentaose / Endoglucanase C
類似検索 - 構成要素
生物種CELLULOMONAS FIMI (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nurizzo, D. / Notenboom, V. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Differential Oligosaccharide Recognition by Evolutionarily-Related Beta-1,4 and Beta-1,3 Glucan-Binding Modules
著者: Boraston, A.B. / Nurizzo, D. / Notenboom, V. / Ducros, V. / Rose, D.R. / Kilburn, D.G. / Davies, G.J.
履歴
登録2002年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOGLUCANASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9172
ポリマ－15,0881
非ポリマー8291
水1,60389
1
A: ENDOGLUCANASE C
ヘテロ分子

A: ENDOGLUCANASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8344
ポリマ－30,1772
非ポリマー1,6572
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)77.634, 77.634, 55.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2002-

HOH

21A-2072-

HOH

31A-2083-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ENDOGLUCANASE C / ENDO-1 / 4-BETA-GLUCANASE / CELLULASE C / CELLULASE 9B


分子量: 15088.256 Da / 分子数: 1
断片: CARBOHYDRATE BINDING MODULE FAMILY 4, RESIDUES 1-149
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CELLULOMONAS FIMI (バクテリア)
解説: CARBOHYDRATE BINDING MODULE OF CELLULASE 9B FROM CELLULOMONAS FIMI
プラスミド: PTUG / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 / 参照: UniProt: P14090, cellulase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellopentaose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellopentaose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化pH: 5 / 詳細: 1.8M AMMONIUM SULFATE, 3% ISOPROPANOL, pH 5.00
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.8 Mammonium sulfate1reservoir
23 %(v/v)isopropanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: OSMICS MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 8313 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 61
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 61 % / Rmerge(I) obs: 0.26

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.07精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ULO

1ulo


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 7.612 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.377 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1357 16.4 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.217 6942 93.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20.11 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1019 0 56 89 1164
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211110
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8232.0141537
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.425141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.00425.34943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.89215131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.479154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2447
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1040.252
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2140.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.120.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.741.5702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3421128
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2473408
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3834.5409
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.326 62
Rwork0.255 302
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor Rwork: 0.209
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.823

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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