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- PDB-1gu1: Crystal structure of type II dehydroquinase from Streptomyces coe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gu1
タイトルCrystal structure of type II dehydroquinase from Streptomyces coelicolor complexed with 2,3-anhydro-quinic acid
要素3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
キーワードLYASE / SHIKIMATE PATHWAY / TETRAHEDRAL SYMMETRY
機能・相同性
機能・相同性情報


quinate catabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II, conserved site / Dehydroquinase class II signature. / Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II superfamily / Dehydroquinase class II / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3 -ANHYDRO-QUINIC ACID / L(+)-TARTARIC ACID / 3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Roszak, A.W. / Robinson, D.A. / Krell, T. / Hunter, I.S. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: The Structure and Mechanism of the Type II Dehydroquinase from Streptomyces Coelicolor
著者: Roszak, A.W. / Robinson, D.A. / Krell, T. / Hunter, I.S. / Fredrickson, M. / Abell, C. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J.
履歴
登録2002年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月28日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22013年7月24日Group: Data collection / Structure summary
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
B: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
C: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
D: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
E: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
F: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
G: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
H: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
I: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
J: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
K: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
L: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,32052
ポリマ－198,83512
非ポリマー5,48540
水47,4522634
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area40620 Å2
ΔGint-28.2 kcal/mol
Surface area53000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.600, 138.400, 141.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.00047, -0.91427, -0.4051), (0.42326, -0.3672, 0.82826), (-0.90601, -0.17107, 0.38714)77.03539, 2.44498, 57.0237
2given(-0.01781, 0.42808, -0.90356), (-0.90921, -0.38289, -0.16348), (-0.41595, 0.81862, 0.39604)50.4324, 81.51537, 7.71917
3given(-0.99994, 0.01046, 0.00236), (0.00862, 0.65349, 0.75689), (0.00638, 0.75687, -0.65354)59.50526, -17.51628, 37.92458
4given(0.003, -0.90209, -0.43153), (-0.40287, 0.39387, -0.82617), (0.91525, 0.17633, -0.36225)77.49197, 64.8762, 19.31279
5given(0.00661, -0.41953, 0.90772), (0.91001, -0.37377, -0.17938), (0.41453, 0.82722, 0.37931)9.04272, 26.91825, -16.78384
6given(0.00687, 0.90322, 0.42911), (-0.40192, -0.39044, 0.82826), (0.91565, -0.17816, 0.36034)-18.34674, 27.86117, 3.62359
7given(0.01189, 0.42154, -0.90673), (0.91336, 0.36449, 0.18143), (0.40697, -0.83033, -0.38069)50.01438, -12.76838, 70.20421
8given(-1, -0.00184, -0.00168), (0.00247, -0.65652, -0.7543), (0.00029, -0.75431, 0.65652)60.16796, 86.45656, 39.67637
9given(-0.01386, -0.43029, 0.90258), (-0.90801, 0.38342, 0.16885), (-0.41872, -0.81722, -0.39602)10.06746, 42.12491, 95.03992
10given(0.99995, -0.00838, 0.00473), (-0.00837, -0.99996, -0.002), (0.00475, 0.00196, -0.99999)0.05969, 69.64996, 77.52781
11given(0.00152, 0.91496, 0.40355), (0.42088, 0.36548, -0.83023), (-0.90712, 0.17111, -0.38453)-17.67109, 41.35124, 75.16728

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE / TYPE II 3-DEHYDROQUINATE HYDRATASE / 3-DEHYDROQUINASE / TYPE II DHQASE


分子量: 16569.605 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
プラスミド: PDHQ / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P15474, 3-dehydroquinate dehydratase

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非ポリマー , 5種, 2674分子

#2: 化合物
ChemComp-FA1 / 2,3 -ANHYDRO-QUINIC ACID / 2,3-アンヒドロキナ酸


分子量: 174.151 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O5
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.9 %
結晶化pH: 8.5
詳細: PEG 8000, SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, TRIS BUFFER, pH 8.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.89
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→70 Å / Num. obs: 648516 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.088
反射 シェル解像度: 1.8→1.82 Å / 冗長度: 2.9 % / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DHQ

2dhq


解像度: 1.8→22 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: NONE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 20218 10 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs-202189 98.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13452 0 368 2634 16454

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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