PDB-1gu0: CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE II DEHYDROQUINASE FROM STREPTOMYCES COE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1gu0

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE II DEHYDROQUINASE FROM STREPTOMYCES COELICOLOR

要素

3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

キーワード

LYASE / TYPE II DEHYDROQUINASE / SHIKIMATE PATHWAY / DODECAMERIC QUATERNARY STRUCTURE / TETRAHEDRAL SYMMETRY

機能・相同性

機能・相同性情報

quinate catabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Roszak, A.W. / Krell, T. / Robinson, D. / Hunter, I.S. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: The Structure and Mechanism of the Type II Dehydroquinase from Streptomyces Coelicolor
著者: Roszak, A.W. / Robinson, D. / Krell, T. / Hunter, I.S. / Fredrickson, M. / Abell, C. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J.

履歴

登録	2002年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2002年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1gu0.cif.gz	370.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1gu0.ent.gz	304.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1gu0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1gu0_validation.pdf.gz	447.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1gu0_full_validation.pdf.gz	471.6 KB	表示
XML形式データ	1gu0_validation.xml.gz	33.2 KB	表示
CIF形式データ	1gu0_validation.cif.gz	65.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/1gu0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/1gu0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1d0iC 1gtzC 1gu1C 2dhqS 1gqn 1gqo 1guy 1gv1 1gvz 1qfe C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5yl5-d 1gtz-d 2bt4-d 5ypq-d 4zc1-d 1gu1-d 5b6p-d 5x47-d 6hsb-1 1gqo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (6)

登録構造単位

A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

B: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

C: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

D: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

E: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

F: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

G: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

H: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

I: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

J: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

K: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

L: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

ヘテロ分子

199 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.200, 138.400, 141.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	H
8	1	I
9	1	J
10	1	K
11	1	L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 150 / Label seq-ID: 2 - 150

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	H	H
8	I	I
9	J	J
10	K	K
11	L	L

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.00708, 0.92154, -0.38822), (-0.39202, -0.3546, -0.84887), (-0.91993, 0.1582, 0.35875)	8.23507, 85.55029, 40.90844
2	given	(0.00824, -0.39764, -0.9175), (0.91359, -0.37005, 0.16859), (0.40656, -0.83961, 0.36023)	71.29705, 17.09995, 61.55885
3	given	(-0.99996, 0.00502, -0.00776), (0.00909, 0.6851, -0.72839), (0.00166, -0.72843, -0.68512)	54.49592, 34.82314, 81.04834
4	given	(0.00352, 0.91859, -0.3952), (0.38144, 0.36409, 0.84967), (0.92439, -0.15373, -0.3491)	8.57029, -16.58185, 24.99649
5	given	(-0.01303, 0.39936, 0.9167), (-0.91922, -0.36559, 0.1462), (0.39352, -0.84075, 0.37186)	-16.52143, 67.34712, 39.30995
6	given	(-0.00983, -0.91991, 0.39201), (0.39635, -0.3635, -0.84307), (0.91805, 0.14709, 0.36818)	46.49717, 64.1228, -9.06398
7	given	(0.00707, -0.39838, -0.91719), (-0.91702, 0.36319, -0.16482), (0.39878, 0.84225, -0.36276)	71.15918, 52.28157, 5.18036
8	given	(-0.9999, -0.00746, -0.01185), (-0.00348, -0.68764, 0.72605), (-0.01356, 0.72602, 0.68754)	54.99685, 34.6108, -14.26512
9	given	(-0.01603, 0.39654, 0.91788), (0.91913, 0.36724, -0.14261), (-0.39363, 0.84136, -0.37035)	-16.17982, 1.6171, 27.03639
10	given	(0.99974, 0.00264, 0.02249), (0.00281, -0.99997, -0.00725), (0.02247, 0.00731, -0.99972)	-0.76468, 69.52921, 65.31114
11	given	(-0.00256, -0.92118, 0.38913), (0.41263, 0.35543, 0.83869), (0.91089, -0.15842, -0.38102)	46.60988, 5.75645, 76.06654

#1: タンパク質	3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE / TYPE II 3-DEHYDROQUINATE HYDRATASE / 3-DEHYDROQUINASE / TYPE II DHQASE 分子量: 16569.605 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア) プラスミド: PDHQ / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P15474, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1740 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化	pH: 8.5 詳細: PEG 8000, SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, TRIS BUFFER, pH 8.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→75 Å / Num. obs: 429534 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.057
反射シェル	解像度: 1.8→1.82 Å / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2DHQ

2dhq

解像度: 2→24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 7.428 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	12147	10 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.204	6768	66.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13327	0	32	1740	15099

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	13631
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	12259
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.056	1.925	18585
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	0.953	3	28290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	2117
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	15736
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	2736
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.3	3238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.3	12353
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.265	0.5	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.157	0.5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.38	0.3	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.23	0.3	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.341	0.5	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.178	1.5	8848
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.921	2	14091
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.411	3	4783
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.549	4.5	4494
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.314	738
R_work	0.277	6768

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1051	0.0234	0.0321	1.0431	-0.3617	0.6546	0.0169	-0.0043	0.0053	-0.0404	-0.0473	-0.1243	-0.188	0.0401	0.0304	0.1229	-0.0126	0.0401	0.2776	0.0568	0.3219	36.585	59.213	13.924
2	0.5475	0.3196	0.7359	1.5935	-0.1031	0.4548	0.0043	0.112	-0.0579	-0.2974	-0.0108	-0.226	0.0441	0.1326	0.0065	0.1265	0.008	0.0941	0.3195	0.0284	0.3064	35.336	31.172	1.659
3	0.3805	-0.2967	-0.0215	0.8437	0.0392	1.0427	0.004	-0.0135	0.0002	0.0062	-0.0924	-0.3024	-0.0351	0.3176	0.0884	0.0041	-0.0199	0.0321	0.4191	0.125	0.4894	57.566	38.194	21.788
4	0.5667	0.1273	-0.3872	0.2193	-0.4262	1.0251	0.0582	0.0475	0.1314	0.094	0.0219	0	-0.2593	-0.0274	-0.0802	0.1848	0.0334	0.0216	0.2592	0.0274	0.3173	18.026	65.494	28.343
5	0.0491	0.1171	0.2581	0.329	0.2698	0.1992	0.04	-0.0414	0.0345	0.1609	-0.0418	0.0098	-0.059	-0.0308	0.0018	0.2456	-0.0116	-0.0074	0.267	-0.0215	0.2857	18.78	55.011	57.194
6	0.526	0.1306	0.044	0.8535	-0.0045	0.5838	0.0427	-0.0426	0.0338	0.019	-0.0462	0.1752	-0.0958	-0.1191	0.0035	0.0716	0.033	0.019	0.2951	-0.0123	0.3314	-3.215	45.498	38.043
7	0.0644	-0.1598	-0.4638	0.6983	0.3169	1.0733	0.0399	0.0528	0.0133	-0.1143	-0.0517	0.03	0.0139	-0.0078	0.0118	0.0822	0.0158	0.008	0.2811	-0.0059	0.2705	19.257	14.277	8.703
8	0.4246	-0.4863	-0.2181	0.9799	-0.0533	0.8643	0.0023	0.0204	-0.0317	-0.0142	0.0097	0.1709	-0.0148	-0.1927	-0.012	0.0037	0.0104	-0.0019	0.3137	-0.0078	0.3255	-3.127	23.655	27.395
9	0.2259	-0.1421	-0.005	0.4906	-0.2886	0.8437	-0.0135	-0.0239	-0.0426	-0.0075	-0.0217	-0.0236	0.1077	-0.0159	0.0352	0.0458	-0.0176	0.0077	0.2575	0.0101	0.2697	17.947	3.673	37.462
10	0.5361	0.1384	-0.0768	0.6348	-0.3965	0.9525	-0.0592	-0.0584	0.071	0.0558	-0.0669	-0.3527	-0.069	0.3413	0.126	0.0552	-0.0285	-0.0588	0.4389	0.106	0.4959	57.266	31.033	45.059
11	0.0758	0.0268	-0.0081	0.8864	-0.2084	0.6823	-0.0557	0.0025	0.047	0.0721	-0.0133	-0.114	0.0475	0.085	0.069	0.081	0.0201	-0.0283	0.2856	0.055	0.2898	36.151	10.018	52.274
12	0.3924	-0.3804	-0.1953	1.8874	-0.1329	0.3744	-0.0462	-0.0734	0.1072	0.4087	0	-0.2046	-0.0653	0.1204	0.0462	0.2473	-0.0061	-0.0958	0.3023	-0.0006	0.3062	34.562	38.07	64.602

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 150
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 150
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 150
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 150
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 150
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 150
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 150
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	2 - 150
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	2 - 150
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	2 - 150
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	2 - 150

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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