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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gte | |||||||||
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タイトル | DIHYDROPYRIMIDINE DEHYDROGENASE (DPD) FROM PIG, BINARY COMPLEX WITH 5-IODOURACIL | |||||||||
![]() | DIHYDROPYRIMIDINE DEHYDROGENASE | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSFER / FLAVIN / IRON-SULFUR CLUSTERS / PYRIMIDINE CATABOLISM / 5-FLUOROURACIL DEGRADATION | |||||||||
機能・相同性 | ![]() dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) / thymidine catabolic process / dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) activity / uracil binding / beta-alanine biosynthetic process / thymine catabolic process / uracil catabolic process / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding ...dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) / thymidine catabolic process / dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) activity / uracil binding / beta-alanine biosynthetic process / thymine catabolic process / uracil catabolic process / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Dobritzsch, D. / Ricagno, S. / Schneider, G. / Schnackerz, K.D. / Lindqvist, Y. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the productive ternary complex of dihydropyrimidine dehydrogenase with NADPH and 5-iodouracil. Implications for mechanism of inhibition and electron transfer. 著者: Dobritzsch, D. / Ricagno, S. / Schneider, G. / Schnackerz, K.D. / Lindqvist, Y. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Study of Pig Liver Dihydropyrimidine Dehydrogenase 著者: Dobritzsch, D. / Persson, K. / Schneider, G. / Lindqvist, Y. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AF", "BF", "CF" AND "DF" IN EACH CHAIN ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AF", "BF", "CF" AND "DF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL, THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 895.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 720.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 198.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 297.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 111603.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q28943, dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) |
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-非ポリマー , 5種, 4876分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/IUR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/IUR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / #3: 化合物 | ChemComp-FMN / #4: 化合物 | ChemComp-FAD / #5: 化合物 | ChemComp-IUR / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | INVOLVED IN THE CATABOLISM OF URACIL AND THYMIDINE LEADING TO THE FORMATION OF BETA-ALANINE. ...INVOLVED IN THE CATABOLISM |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.4 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.7 詳細: 100 MM SODIUM CITRATE PH 4.7, 16-20 % POLYETHYLENE GLYCOL 6000, 1 MM DTT, 1 MM 5-IODOURACIL | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Dobritzsch, D., (2001) Acta Crystallogr., 57, 153. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8424 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 489160 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 94.3 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 481684 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: DIHYDROPYRIMIDINE DEHYDROGENASE, NON-LIGANDED FORM 解像度: 1.65→24.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 3440087 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: THE 5 C-TERMINAL RESIDUES AND A FEW LOOP-RESIDUES WERE NOT SEEN IN THE DENSITY DUE TO DISORDER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.8663 Å2 / ksol: 0.394487 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→24.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.225 |