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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gsz | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Squalene Cyclase in Complex with the Potential Anticholesteremic Drug Ro48-8071 | ||||||
要素 | SQUALENE--HOPENE CYCLASE | ||||||
キーワード | ISOMERASE / CHOLESTEROL BIOSYNTHESIS / INHIBITOR OXIDOSQUALENE CYCLASE / MONOTOPIC MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 squalene-hopanol cyclase / squalene-hopene cyclase / squalene-hopene cyclase activity / triterpenoid biosynthetic process / lipid droplet / lyase activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ALICYCLOBACILLUS ACIDOCALDARIUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / OTHER / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Lenhart, A. / Weihofen, W.A. / Pleschke, A.E.W. / Schulz, G.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2002 タイトル: Crystal Structure of a Squalene Cyclase in Complex with the Potential Anticholesteremic Drug Ro48-8071 著者: Lenhart, A. / Weihofen, W.A. / Pleschke, A.E.W. / Schulz, G.E. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: The Structure of the Membrane Protein Squalene-Hopene Cyclase at 2.0 A Resolution 著者: Wendt, K.U. / Lenhart, A. / Schulz, G.E. #2: ジャーナル: Science / 年: 1997 タイトル: Structure and Function of a Squalene Cyclase 著者: Wendt, K.U. / Poralla, K. / Schulz, G.E. #3: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Analysis of Squalene-Hopene Cyclase from Alicyclobacillus Acidocaldarius 著者: Wendt, K.U. / Feil, C. / Lenhart, A. / Poralla, K. / Schulz, G.E. #4: ジャーナル: J.Lipid Res. / 年: 1997 タイトル: Ro48-8071, a New 2,3-Oxidosqualene:Lanosterol Cyclase Inhibitor Lowering Plasma Cholesterol in Hamsters, Squirrel Monkeys, and Minipigs: Comparison to Simvastatin 著者: Morand, O.H. / Aebi, J.D. / Dehmlow, H. / Ji, Y.H. / Gains, N. / Lengsfeld, H. / Himber, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gsz.cif.gz | 346 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gsz.ent.gz | 289.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gsz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gsz_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gsz_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1gsz_validation.xml.gz | 77.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gsz_validation.cif.gz | 103.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/1gsz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/1gsz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 71650.039 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ALICYCLOBACILLUS ACIDOCALDARIUS (バクテリア) 解説: THERMOSTABLE, ACIDOPHILIC / プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P33247, squalene-hopene cyclase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CATALYZES THE CREATION OF HOPENE BY CYCLIZATIO | 配列の詳細 | MET 1 IS NOT IN SWISS-PROT ENTRY. RESIDUES UP TO ALA 10 AND AFTER ILE 628 HAVE NO ELECTRON DENSITY ...MET 1 IS NOT IN SWISS-PROT ENTRY. RESIDUES UP TO ALA 10 AND AFTER ILE 628 HAVE NO ELECTRON DENSITY (ALL PDB-NUMBERING). | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: HANGING DROP WITH 5...8 MG/ML PROTEIN, 0.3 % (W/V) N-OCTYL-TETRAOXYETHYLENE, 50 MM SODIUM CITRATE (PH 4.8), 50 MM SODIUM CHLORIDE, 6...16 % (V/V) PEG-600 AND 1.5 MOLAR EXCESS (IN RESPECT TO ...詳細: HANGING DROP WITH 5...8 MG/ML PROTEIN, 0.3 % (W/V) N-OCTYL-TETRAOXYETHYLENE, 50 MM SODIUM CITRATE (PH 4.8), 50 MM SODIUM CHLORIDE, 6...16 % (V/V) PEG-600 AND 1.5 MOLAR EXCESS (IN RESPECT TO PROTEIN) RO48-8071 IN THE STARTING DROPLET. RESERVOIR CONTAINED 100 MM SODIUM CITRATE (PH 4.8), 100 MM SODIUM CHLORIDE, 6...16 % (V/V) PEG-600. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200B / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 54249 / % possible obs: 78.8 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 13.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 47.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 79 % / Num. measured all: 156593 / Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 48 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.8→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.0971 Å2 / ksol: 0.259545 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→25 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 3.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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