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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gsh | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI GLUTATHIONE SYNTHETASE AT PH 7.5 | ||||||
![]() | GLUTATHIONE BIOSYNTHETIC LIGASE | ||||||
![]() | GLUTATHIONE BIOSYNTHESIS LIGASE / GLUTATHIONE BIOSYNTHESIS / GLUTATHIONE SYNTHASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() glutathione synthase / glutathione synthase activity / glutathione biosynthetic process / protein homotetramerization / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Matsuda, K. / Kato, H. / Yamaguchi, H. / Nishioka, T. / Katsube, Y. / Oda, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of glutathione synthetase at optimal pH: domain architecture and structural similarity with other proteins. 著者: Matsuda, K. / Mizuguchi, K. / Nishioka, T. / Kato, H. / Go, N. / Oda, J. #1: ![]() タイトル: Flexible Loop that is Novel Catalytic Machinery in a Ligase. Atomic Structure and Function of the Loopless Glutathione Synthetase 著者: Kato, H. / Tanaka, T. / Yamaguchi, H. / Hara, T. / Nishioka, T. / Katsube, Y. / Oda, J. #2: ![]() タイトル: Mechanism-Based Inactivation of Glutathione Synthetase by Phosphinic Acid Transition-State Analogue 著者: Hiratake, J. / Kato, H. / Oda, J. #3: ![]() タイトル: Use of Adenosine (5')Polyphospho(5')Pyridoxals to Study the Substrate-Binding Region of Glutathione Synthetase from Escherichia Coli B 著者: Hibi, T. / Kato, H. / Nishioka, T. / Oda, J. / Yamaguchi, H. / Katsube, Y. / Tanizawa, K. / Fukui, T. #4: ![]() タイトル: Flexibility Impaired by Mutations Revealed the Multifunctional Roles of the Loop in Glutathione Synthetase 著者: Tanaka, T. / Yamaguchi, H. / Kato, H. / Nishioka, T. / Katsube, Y. / Oda, J. #5: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of the Glutathione Synthetase from Escherichia Coli B at 2.0 A Resolution 著者: Yamaguchi, H. / Kato, H. / Hata, Y. / Nishioka, T. / Kimura, A. / Oda, J. / Katsube, Y. #6: ![]() タイトル: Structural Studies on Glutathione Synthetase from Escherichia Coli B 著者: Yamaguchi, H. / Kato, H. / Hata, Y. / Nishioka, T. / Oda, J. / Katsube, Y. #7: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies of Glutathione Synthetase from Escherichia Coli B 著者: Kato, H. / Yamaguchi, H. / Hata, Y. / Nishioka, T. / Katsube, Y. / Oda, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 369.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 376.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35601.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: microdialysis / pH: 7.5 詳細: CRYSTALS WERE PREPARED AT PH 7.5 BY MICRODIALYSIS METHOD WITH AMMONIUM SULFATE AS THE PRECIPITATING AGENT. THE INNER SOLUTION 100 MICROLITER CONTAINED 1.5 % (W/V) GSHASE, 5 MM MGCL2 AND 10 % ...詳細: CRYSTALS WERE PREPARED AT PH 7.5 BY MICRODIALYSIS METHOD WITH AMMONIUM SULFATE AS THE PRECIPITATING AGENT. THE INNER SOLUTION 100 MICROLITER CONTAINED 1.5 % (W/V) GSHASE, 5 MM MGCL2 AND 10 % SATURATED AMMONIUM SULFATE IN 50 MM TRIS-HCL BUFFER (PH 7.5). THE INNER SOLUTION WAS DIALYZED AGAINST 50 MM TRIS-HCL BUFFER (PH 7.5) WHICH CONTAINED 5 MM MGCL2 AND 25 % SATURATED AMMONIUM SULFATE.TRIS-HCL BUFFER, microdialysis | ||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1991年3月18日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.04 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2 Å / Num. obs: 30967 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / % possible obs: 84.1 % / Rmerge(I) obs: 0.0701 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→10 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 23.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_dihedral_angle_d / Dev ideal: 25.359 |