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- PDB-1gsa: STRUCTURE OF GLUTATHIONE SYNTHETASE COMPLEXED WITH ADP AND GLUTATHIONE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gsa
タイトルSTRUCTURE OF GLUTATHIONE SYNTHETASE COMPLEXED WITH ADP AND GLUTATHIONE
要素GLUTATHIONE SYNTHETASE
キーワードLIGASE / GLUTATHIONE SYNTHETASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione synthase / glutathione synthase activity / glutathione biosynthetic process / protein homotetramerization / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic glutathione synthetase, N-terminal / Glutathione synthetase, prokaryotic / Prokaryotic glutathione synthetase, N-terminal domain / Prokaryotic glutathione synthetase, ATP-binding / Prokaryotic glutathione synthetase, ATP-grasp domain / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain ...Prokaryotic glutathione synthetase, N-terminal / Glutathione synthetase, prokaryotic / Prokaryotic glutathione synthetase, N-terminal domain / Prokaryotic glutathione synthetase, ATP-binding / Prokaryotic glutathione synthetase, ATP-grasp domain / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GLUTATHIONE / Glutathione synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Hara, T. / Kato, H. / Nishioka, T. / Katsube, Y. / Oda, J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: A pseudo-michaelis quaternary complex in the reverse reaction of a ligase: structure of Escherichia coli B glutathione synthetase complexed with ADP, glutathione, and sulfate at 2.0 A resolution.
著者: Hara, T. / Kato, H. / Katsube, Y. / Oda, J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Flexible Loop that is Novel Catalytic Machinery in a Ligase. Atomic Structure and Function of the Loopless Glutathione Synthetase
著者: Kato, H. / Tanaka, T. / Yamaguchi, H. / Hara, T. / Nishioka, T. / Katsube, Y. / Oda, J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Glutathione Synthetase from Escherichia Coli B at 2.0 A Resolution
著者: Yamaguchi, H. / Kato, H. / Hata, Y. / Nishioka, T. / Kimura, A. / Oda, J. / Katsube, Y.
#3: ジャーナル: Agric.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: Overexpression of Glutathione Synthetase in Escherichia Coli
著者: Kato, H. / Kobayashi, M. / Murata, K. / Nishioka, T. / Oda, J.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies of Glutathione Synthetase from Escherichia Coli B
著者: Kato, H. / Yamaguchi, H. / Hata, Y. / Nishioka, T. / Katsube, Y. / Oda, J.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Role of Cysteine Residues in Glutathione Synthetase from Escherichia Coli B. Chemical Modification and Oligonucleotide Site-Directed Mutagenesis
著者: Kato, H. / Tanaka, T. / Nishioka, T. / Kimura, A. / Oda, J.
履歴
登録1995年6月8日処理サイト: BNL
改定 1.01996年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTATHIONE SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4816
ポリマ－35,6021
非ポリマー8795
水2,432135
1
A: GLUTATHIONE SYNTHETASE
ヘテロ分子

A: GLUTATHIONE SYNTHETASE
ヘテロ分子

A: GLUTATHIONE SYNTHETASE
ヘテロ分子

A: GLUTATHIONE SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,92424
ポリマ－142,4074
非ポリマー3,51720
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+2/31
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+2/31
手法PQS
2
A: GLUTATHIONE SYNTHETASE
ヘテロ分子

A: GLUTATHIONE SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,96212
ポリマ－71,2042
非ポリマー1,75810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+2/31
Buried area7590 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area22500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.250, 87.250, 169.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 GLUTATHIONE SYNTHETASE / GAMMA-L-GLUTAMYL-L-CYSTEINE\:GLYCINE LIGASE (ADP-FORMING)


分子量: 35601.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: B / プラスミド: PKGS00, AN DERIVATIVE PLASMID OF PKK233-3 / 遺伝子 (発現宿主): GSHII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P04425, glutathione synthase

-
非ポリマー , 5種, 140分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 7.5
詳細: CRYSTALLIZED IN TRIS-HCL BUFFER (PH 7.5). AMMONIUM SULFATE WAS USED AS PRECIPITANT.
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mMTris-HCl11
225 %satammonium sulfate11
35 mM11MgCl2
410 mM2-mercaptoethanol11
50.02 %11NaN3

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1.04
検出器検出器: FILM / 日付: 1991年11月28日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45.1 Å / Num. obs: 23410 / % possible obs: 81.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.058
反射
*PLUS
Num. measured all: 196511

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3モデル構築
X-PLOR3精密化
WEISデータ削減
X-PLOR3位相決定
精密化解像度: 2→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.188 --
obs0.188 19832 78.9 %
原子変位パラメータBiso mean: 19.61 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2479 0 54 135 2668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.75
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.43
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.79
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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