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- PDB-1grw: C. elegans major sperm protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1grw
タイトルC. elegans major sperm protein
要素MAJOR SPERM PROTEIN 31/40/142
キーワードCYTOSKETAL PROTEIN / CYTOSKELETON / SPERM / CELL MOTILITY
機能・相同性
機能・相同性情報


pseudopodium / cytoskeleton / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Major sperm protein (MSP) domain / MSP (Major sperm protein) domain / Major sperm protein (MSP) domain profile. / PapD-like superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major sperm protein 19/31/40/45/50/51/53/59/61/65/81/113/142
類似検索 - 構成要素
生物種CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Baker, A.M.E. / Roberts, T.M. / Stewart, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: 2.6 A Resolution Crystal Structure of Helices of the Motile Major Sperm Protein (Msp) of Caenorhabditis Elegans
著者: Baker, A.M.E. / Roberts, T.M. / Stewart, M.
履歴
登録2001年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月2日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.42019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.62023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAJOR SPERM PROTEIN 31/40/142
B: MAJOR SPERM PROTEIN 31/40/142
C: MAJOR SPERM PROTEIN 31/40/142
D: MAJOR SPERM PROTEIN 31/40/142


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3834
ポリマ－56,3834
非ポリマー00
水1,33374
1
A: MAJOR SPERM PROTEIN 31/40/142


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0961
ポリマ－14,0961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: MAJOR SPERM PROTEIN 31/40/142


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0961
ポリマ－14,0961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: MAJOR SPERM PROTEIN 31/40/142


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0961
ポリマ－14,0961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: MAJOR SPERM PROTEIN 31/40/142


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0961
ポリマ－14,0961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.478, 53.478, 457.203
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9886, 0.02171, 0.14898), (0.01684, -0.99929, 0.03385), (0.1496, -0.03095, -0.98826)-6.30903, 7.36528, 79.84435
2given(-0.70031, -0.70101, -0.13475), (0.70497, -0.70884, 0.02381), (-0.11221, -0.07832, 0.99059)55.71134, -10.54607, -53.6237
3given(-0.69788, 0.71597, 0.0188), (0.71606, 0.69692, 0.03962), (0.01526, 0.04111, -0.99904)42.52015, -18.15461, 26.02107

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要素

#1: タンパク質
MAJOR SPERM PROTEIN 31/40/142 / MSP


分子量: 14095.839 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
Cell: SPERM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P53017
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細PROTEIN IS AN IMPORTANT COMPONENT IN THE MOLECULAR INTERACTIONS THAT UNDERLIE SPERM CRAWLING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: VAPOUR DIFFUSION AT 20DEGC IN 16% PEG 8000, 100 MM NA ACETATE BUFFER PH5.0, pH 5.00
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
116 %(w/v)PEG80001reservoir
2100 mMsodium acetate1reservoirpH5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / タイプ: ESRF / 波長: 0.9311
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9311 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→37.8 Å / Num. obs: 24601 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.66 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 6.3039
反射 シェル解像度: 2.43→2.56 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 87.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 38 Å / Num. obs: 21887 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.74 Å / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC4.0.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2MSP

2msp


解像度: 2.6→20 Å / SU B: 10.38 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.507 / ESU R Free: 0.291 / 詳細: NONE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1067 4.9 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs-20693 99.62 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3912 0 0 74 3986
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: '4.0.0 01/12/1999' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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