[日本語] English
万見
- PDB-1gqq: MURC - Crystal structure of the apo-enzyme from Haemophilus influenzae -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gqq
タイトルMURC - Crystal structure of the apo-enzyme from Haemophilus influenzae
要素UDP-N-ACETYLMURAMATE-L-ALANINE LIGASE
キーワードCELL WALL BIOSYNTHESIS / PEPTIDOGLYCAN / MUREIN / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / : / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central ...UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / : / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種HAEMOPHILUS INFLUENZAE (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Skarzynski, T. / Cleasby, A. / Domenici, E. / Gevi, M. / Shaw, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of Udp-N-Acetylmuramate-L-Alanine Ligase (Murc) from Haemophilus Influenzae
著者: Skarzynski, T. / Cleasby, A. / Domenici, E. / Gevi, M. / Shaw, J.
履歴
登録2001年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UDP-N-ACETYLMURAMATE-L-ALANINE LIGASE
B: UDP-N-ACETYLMURAMATE-L-ALANINE LIGASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,1142
ポリマ－104,1142
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)65.508, 99.485, 180.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 UDP-N-ACETYLMURAMATE-L-ALANINE LIGASE


分子量: 52057.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: APO-ENZYME
由来: (組換発現) HAEMOPHILUS INFLUENZAE (インフルエンザ菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P45066, UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.48 %
結晶化pH: 8.6
詳細: PROTEIN SOLUTION 12MG/ML CONTAINING 10% GLYCEROL MIXED WITH WELL SOLUTION CONTAINING 2.4M AMMONIUM SULPHATE, 100MM BICINE BUFFER AND 3%ETHANOL., pH 8.60

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. obs: 20892 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.396 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.1→19.88 Å / SU B: 20.187 / SU ML: 0.37361 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.50665
詳細: DISORDERED SIDE CHAINS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY, 6 TLS GROUPS WERE USED IN REFINEMENT. THE TLS PARAMETERS ARE GIVEN BELOW AND NOT IN THE MAIN TLS SECTION AS THEY ARE NOT IN A STANDARD FORMAT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28624 1119 5.1 %RANDOM
Rwork0.23895 ---
obs0.24134 20892 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6 Å20 Å20 Å2
2--2.99 Å20 Å2
3----5.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6578 0 0 0 6578

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る