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- PDB-1gq7: PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE FROM STREPTOMYCES CLAVULIGERUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gq7
タイトルPROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE FROM STREPTOMYCES CLAVULIGERUS
要素PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE
キーワードHYDROLASE / CLAVAMINATE / CLAVAMINIC / PAH / ARGINASE / ANTIBIOTIC
機能・相同性
機能・相同性情報


proclavaminate amidinohydrolase / proclavaminate amidinohydrolase activity / clavulanic acid biosynthetic process / putrescine biosynthetic process from arginine, via agmatine / agmatinase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Agmatinase-related / Ureohydrolase domain / Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Arginase; Chain A / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Proclavaminate amidinohydrolase / Proclavaminate amidinohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Elkins, J.M. / Clifton, I.J. / Hernandez, H. / Robinson, C.V. / Schofield, C.J. / Hewitson, K.S.
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2002
タイトル: Oligomeric structure of proclavaminic acid amidino hydrolase: evolution of a hydrolytic enzyme in clavulanic acid biosynthesis.
著者: Elkins, J.M. / Clifton, I.J. / Hernandez, H. / Doan, L.X. / Robinson, C.V. / Schofield, C.J. / Hewitson, K.S.
履歴
登録2001年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE
B: PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE
C: PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE
D: PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE
E: PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE
F: PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,30418
ポリマ－200,6446
非ポリマー65912
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)94.922, 81.348, 120.389
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.06587, 0.71882, -0.69207), (-0.6453, -0.49833, -0.57901), (-0.76109, 0.48473, 0.43103)31.68792, -80.28507, 20.63102
2given(0.0693, -0.64711, -0.75924), (0.71251, -0.50058, 0.49169), (-0.69823, -0.57504, 0.42638)-38.26785, -73.17609, -33.1874
3given(-0.99772, -0.06749, -0.00152), (-0.06747, 0.99631, 0.05305), (-0.00206, 0.05304, -0.99859)-61.11634, -3.651, 62.51112
4given(-0.02438, -0.68328, 0.72975), (-0.68629, -0.51934, -0.5092), (0.72691, -0.51324, -0.45627)-87.38945, -84.66604, 37.43931
5given(-0.11032, 0.68006, 0.72481), (0.67029, -0.48756, 0.55947), (0.73386, 0.54755, -0.40205)-17.94106, -75.6867, 91.85432

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要素

#1: タンパク質
PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE / PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE UREOHYDROLASE


分子量: 33440.738 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)
プラスミド: PET24A(+) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P37819, UniProt: P0DJQ3*PLUS, agmatinase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 24% PEG 400, 100 MM HEPES PH7.5, pH 7.50
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
111 mg/mlprotein1drop
324 %(v/v)PEG4001reservoir
40.1 MHEPES1reservoirpH7.5
50.2 M1reservoirCaCl2
21drop3-fold molar excessMnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年9月15日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→35.58 Å / Num. obs: 65708 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.45→2.58 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 92.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 262831
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.5 % / Num. unique obs: 8947 / Num. measured obs: 31969

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GQ6

1gq6


解像度: 2.45→35.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2244495 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: RESIDUES WHOSE SIDE-CHAINS WERE NOT VISIBLE WERE MODELLED AS ALANINE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 3296 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.222 65691 98.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / ksol: 0.340988 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.02 Å20 Å2-6.3 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3---8.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→35.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13113 0 12 332 13457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.97
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.041.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.72
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.212.5
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 513 5 %
Rwork0.273 9706 -
obs--92.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.97
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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