PDB-1gq6: PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE FROM STREPTOMYCES CLAVULIGERUS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1gq6

タイトル

PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE FROM STREPTOMYCES CLAVULIGERUS

要素

PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE

キーワード

HYDROLASE / CLAVAMINATE / CLAVAMINIC / PAH / ARGINASE / ANTIBIOTIC

機能・相同性

機能・相同性情報

proclavaminate amidinohydrolase / proclavaminate amidinohydrolase activity / clavulanic acid biosynthetic process / putrescine biosynthetic process from arginine, using agmatinase / agmatinase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Elkins, J.M. / Clifton, I.J. / Hernandez, H. / Robinson, C.V. / Schofield, C.J. / Hewitson, K.S.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2002
タイトル: Oligomeric Structure of Proclavaminic Acid Amidino Hydrolase: Evolution of a Hydrolytic Enzyme in Clavulanic Acid Biosynthesis
著者: Elkins, J.M. / Clifton, I.J. / Hernandez, H. / Doan, L.X. / Robinson, C.V. / Schofield, C.J. / Hewitson, K.S.

履歴

登録	2001年11月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2002年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1gq6.cif.gz	182.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1gq6.ent.gz	145.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1gq6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/1gq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/1gq6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gq7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1gq7-d 3niq-1 6quq-1 4wni-d 2b4r-d 7lba-2 4qo5-1 1woh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE

B: PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE

C: PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE

ヘテロ分子

101 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE

B: PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE

C: PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE

ヘテロ分子

A: PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE

B: PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE

C: PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
201 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.859, 78.931, 93.199
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 123.90, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	9 - 68
2	1	1	5	B	9 - 68
3	1	1	5	C	9 - 68
1	2	1	6	A	69 - 72
2	2	1	6	B	69 - 72
3	2	1	6	C	69 - 72
1	3	1	5	A	73 - 151
2	3	1	5	B	73 - 151
3	3	1	5	C	73 - 151
1	4	1	6	A	152 - 156
2	4	1	6	B	152 - 156
3	4	1	6	C	152 - 156
1	5	1	5	A	157 - 351
2	5	1	5	B	157 - 351
3	5	1	5	C	157 - 351

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.33389, 0.82358, 0.45851), (-0.82156, -0.49274, 0.28679), (0.46212, -0.28094, 0.84114)	100.63581, 44.49427, -34.81046
2	given	(-0.33961, -0.81874, 0.46296), (0.81777, -0.5002, -0.28469), (0.46466, 0.28191, 0.83942)	86.52071, -70.27638, -29.98474

#1: タンパク質	PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE / PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE UREOHYDROLASE 分子量: 33440.738 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア) プラスミド: PET24A(+) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37819, UniProt: P0DJQ3*PLUS, agmatinase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 36 %

結晶化

pH: 7.5 / 詳細: 2.2 M AMMONIUM FORMATE, 200 MM HEPES PH7.5, pH 7.50

結晶化

*PLUS

温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	11 mg/ml	protein	1	drop
3	2.2 M	ammonium formate	1	reservoir
4	0.2 M	HEPES	1	reservoir	pH7.5
2			1	drop	3-fold molar excess	MnCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.8855
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8855 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→54.76 Å / Num. obs: 82386 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 89.7
反射	PLUS Num. measured all*: 380778
反射シェル	PLUS % possible obs: 89.7 % / Num. unique obs: 11034 / Num. measured obs*: 27406

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.0.32	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.75→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 2.825 / SU ML: 0.091 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17	4105	5 %	RANDOM
R_work	0.142	-	-	-
obs	-	78276	97.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6505	0	6	572	7083

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	6665
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6102
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.54	1.956	9107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	0.801	3	14080
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7687
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.3	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.3	6148
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.5	497
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.332	0.3	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.313	0.3	163
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.176	0.5	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.686	1.5	4385
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.195	2	6992
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.981	3	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.025	4.5	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.249	245
R_work	0.194	5095

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6138	0.1801	0.0609	0.8603	-0.137	0.9697	0.0278	0.0372	-0.0218	-0.0802	0.0027	0.0863	0.097	-0.0977	-0.0305	0.0383	-0.014	-0.0133	0.0195	0.0017	0.0364	54.8671	-27.5541	-12.7604
2	0.5501	-0.1977	0.1597	0.9016	0.1516	0.9237	0.0053	0.0444	0.0678	-0.0831	-0.0185	0.053	-0.1068	-0.0931	0.0132	0.0328	0.0259	-0.0032	0.035	0.0091	0.0369	53.5838	9.1784	-12.3821
3	0.9257	-0.0272	-0.0235	0.397	-0.0538	1.1508	0.0045	0.0752	-0.0222	-0.0759	-0.012	-0.0346	0.0361	0.0987	0.0075	0.0205	0.0096	0.0184	0.0366	0.0011	0.0182	84.6109	-7.7965	-23.0158

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 309
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	9 - 309
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	9 - 309

ソフトウェア

*PLUS

名称: REFMAC / バージョン: '5.0.32 18/01/2001' / 分類: refinement

精密化

*PLUS

% reflection R_free: 5 % / R_factor obs: 0.142 / R_factor R_free: 0.17

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.014
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg	1.54

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