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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gq1 | ||||||
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タイトル | CYTOCHROME CD1 NITRITE REDUCTASE, Y25S mutant, OXIDISED FORM | ||||||
要素 | CYTOCHROME CD1 NITRITE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / REDUCTASE / ENZYME / NITRITE REDUCTASE / DENITRIFICATION / ELECTRON TRANSPORT / PERIPLASMIC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydroxylamine reductase / hydroxylamine reductase activity / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PARACOCCUS PANTOTROPHUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Sjogren, T. / Gordon, E.H.J. / Lofqvist, M. / Richter, C.D. / Hajdu, J. / Ferguson, S.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Structure and Kinetic Properties of Paracoccus Pantotrophus Cytochrome Cd1 Nitrite Reductase with the D1 Heme Active Site Ligand Tyrosine 25 Replaced by Serine 著者: Gordon, E.H.J. / Sjogren, T. / Lofqvist, M. / Richter, C.D. / Allen, J. / Higham, C. / Hajdu, J. / Fulop, V. / Ferguson, S.J. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995 タイトル: The Anatomy of a Bifunctional Enzyme: Structural Basis for Reduction of Oxygen to Water and Synthesis of Nitric Oxide by Cytochrome Cd1 著者: Fulop, V. / Moir, J.W.B. / Ferguson, S.J. / Hajdu, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gq1.cif.gz | 263.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gq1.ent.gz | 209.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gq1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gq1_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gq1_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1gq1_validation.xml.gz | 56.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gq1_validation.cif.gz | 85.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/1gq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/1gq1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1qksS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 62470.438 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) PARACOCCUS PANTOTROPHUS (バクテリア) プラスミド: PEG276 / 発現宿主: PARACOCCUS PANTOTROPHUS (バクテリア) / 株 (発現宿主): EG6202 参照: UniProt: Q9FCQ0, UniProt: P72181*PLUS, EC: 1.9.3.2, nitrite reductase (NO-forming) |
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-非ポリマー , 5種, 1369分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | ENGINEERED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 詳細: 2.3 M AMMONIUM SULFATE, 50MM POTASSIUM PHOSPHATE, PH 7.0, AND CRYOPROTECTANT 18% GLYCEROL | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 15 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Fulop, V., (1993) J. Mol. Biol., 232, 1211. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月6日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 233906 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 24.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 812906 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / % possible obs: 100 % / Mean I/σ(I) obs: 4.72 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1QKS 解像度: 1.4→30 Å / SU B: 0.79 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.05
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原子変位パラメータ | Biso mean: 10.9 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→30 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 4 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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