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- PDB-1gq0: Solution structure of Antiamoebin I, a membrane channel-forming p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gq0
タイトルSolution structure of Antiamoebin I, a membrane channel-forming polypeptide; NMR, 20 structures
要素ANTIAMOEBIN I
キーワードANTIBIOTIC / ANTIAMOEBIN I / PEPTAIBOL / ANTIBACTERIAL / ANTIFUNGAL
機能・相同性Antiamoebin 1 / :
機能・相同性情報
生物種EMERICELLOPSIS SP. 2723 (菌類)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Galbraith, T.P. / Harris, R. / Driscoll, P.C. / Wallace, B.A.
引用
ジャーナル: Biophys. J. / 年: 2003
タイトル: Solution NMR studies of antiamoebin, a membrane channel-forming polypeptide.
著者: Galbraith, T.P. / Harris, R. / Driscoll, P.C. / Wallace, B.A.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: The structure and function of antiamoebin I, a proline-rich membrane-active polypeptide.
著者: Snook, C.F. / Woolley, G.A. / Oliva, G. / Pattabhi, V. / Wood, S.F. / Blundell, T.L. / Wallace, B.A.
#2: ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 1998
タイトル: Antiamoebin can function as a carrier or as a pore-forming peptaibol.
著者: Duclohier, H. / Snook, C.F. / Wallace, B.A.
履歴
登録2001年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月30日Group: Other
改定 1.32017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTIAMOEBIN I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6551
ポリマ－1,6551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ANTIAMOEBIN I


タイプ: Peptaibol / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1654.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: ANTIAMOEBIN I IS A HEXADECAMERIC HELICAL PEPTIDE. THE N-TERM IS ACETYLATED (RESIDUE 0)
由来: (天然) EMERICELLOPSIS SP. 2723 (菌類) / 参照: NOR: NOR00945, Antiamoebin 1
構成要素の詳細ANTIAMOEBIN I IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPTAIBOL FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL FORMING ...ANTIAMOEBIN I IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPTAIBOL FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL FORMING PEPTIDES. HERE, ANTIAMOEBIN I IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES) GROUP: 1 NAME: ANTIAMOEBIN I CHAIN: A COMPONENT_1: PEPTIDE LIKE SEQUENCE RESIDUES 0 TO 16 DESCRIPTION: ANTIAMOEBIN I IS A HEXADECAMERIC HELICAL PEPTIDE. THE N-TERM IS ACETYLATED (RESIDUE 0)
配列の詳細THE ANTIBIOTIC REPORTED HERE IS SIMILAR IN STRUCTURE TO THAT FOUND IN EMBL:AAB11467 FROM THE ...THE ANTIBIOTIC REPORTED HERE IS SIMILAR IN STRUCTURE TO THAT FOUND IN EMBL:AAB11467 FROM THE SPECIES ACREMONIUM TUBAKII

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121ROESY
131DQF-COSY
141TOCSY
151HSQC

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試料調製

試料状態pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
MARDIGRAS構造決定
XPLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 246 ATOMS USED IN SIMULATED ANNEALING (INCLUDING HYDROGENS) RMSD VALUES FROM IDEAL GEOMETRY FOR 20 MODELS: BOND DISTANCES 0.013 ANGSTROMS, STANDARD DEVIATION 0.0001 BOND ANGLES 2.92 DEGREES, ...詳細: 246 ATOMS USED IN SIMULATED ANNEALING (INCLUDING HYDROGENS) RMSD VALUES FROM IDEAL GEOMETRY FOR 20 MODELS: BOND DISTANCES 0.013 ANGSTROMS, STANDARD DEVIATION 0.0001 BOND ANGLES 2.92 DEGREES, STANDARD DEVIATION 0.017 IMPROPER ANGLES 6.62 DEGREES, STANDARD DEVIATION 0.028
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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