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- PDB-1gpu: Transketolase complex with reaction intermediate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gpu
タイトルTransketolase complex with reaction intermediate
要素TRANSKETOLASE 1
キーワードTRANSFERASE / TRANSFERASE(KETONE RESIDUES)
機能・相同性
機能・相同性情報


transketolase / transketolase activity / pentose-phosphate shunt / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / Transketolase-like TK C-terminal domain / : / Transketolase signature 1. / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase, N-terminal / Transketolase binding site / Transketolase signature 2. / Transketolase, C-terminal domain ...Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / Transketolase-like TK C-terminal domain / : / Transketolase signature 1. / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase, N-terminal / Transketolase binding site / Transketolase signature 2. / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-THD / Transketolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Fiedler, E. / Thorell, S. / Sandalova, T. / Koenig, S. / Schneider, G.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Snapshot of a Key Intermediate in Enzymatic Thiamin Catalysis: Crystal Structure of the Alpha-Carbanion of (Alpha,Beta-Dihydroxyethyl)-Thiamin Diphosphate in the Active Site of ...タイトル: Snapshot of a Key Intermediate in Enzymatic Thiamin Catalysis: Crystal Structure of the Alpha-Carbanion of (Alpha,Beta-Dihydroxyethyl)-Thiamin Diphosphate in the Active Site of Transketolase from Saccharomyces Cerevisiae.
著者: Fiedler, E. / Thorell, S. / Sandalova, T. / Golbik, R. / Koenig, S. / Schneider, G.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Identification of Catalytically Important Residues in Yeast Transketolase.
著者: Wikner, C. / Nilsson, U. / Meshalkina, L. / Udekwu, C. / Lindqvist, Y. / Schneider, G.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1997
タイトル: Examination of the Thiamin Diphosphate Binding Site in Yeasttransketolase by Site-Directed Mutagenesis
著者: Meshalkina, L. / Nilsson, U. / Wikner, C. / Kostikowa, T.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: How Thiamin Diphosphateis Activated in Enzyme
著者: Kern, D. / Kern, G. / Neef, H. / Tittmann, K. / Killenberg-Jabs, M. / Wikner, C. / Schneider, G.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Refined Structure of Transketolase from Saccharomyces Cerevisiae at 2.0 Angstroms Resolution
著者: Nikkola, M. / Lindqvist, Y. / Schneider, G.
履歴
登録2001年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSKETOLASE 1
B: TRANSKETOLASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,8246
ポリマ－147,7752
非ポリマー1,0494
水15,475859
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11100 Å2
ΔGint-77.1 kcal/mol
Surface area41570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.300, 113.200, 159.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.787981, 0.002369, -0.615696), (0.001263, -0.999984, -0.005464), (-0.615699, -0.005083, 0.787965)
ベクター: 24.515, 133.213, 8.815)

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要素

#1: タンパク質 TRANSKETOLASE 1 / TK 1


分子量: 73887.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P23254, transketolase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-THD / 2-[3-[(4-AMINO-2-METHYL-5-PYRIMIDINYL)METHYL]-2-(1,2-DIHYDROXYETHYL)-4-METHYL-1,3-THIAZOL-3-IUM-5-YL]ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ({ALPHA,BETA}-DIHYDROXYETHYL)-THIAMIN DIPHOSPHATE


分子量: 484.358 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N4O9P2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 859 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 7.9 / 詳細: pH 7.90
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
113-17 %(w/v)PEG60001reservoir
25 mMThDP1reservoir
35 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8459
検出器日付: 2001年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→30 Å / Num. obs: 104364 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.86→1.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 89
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 333802

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TRK

1trk


解像度: 1.86→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 -7.2 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.198 104364 92.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: DENSITY MODIFICATION / Bsol: 59.9 Å2 / ksol: 0.404 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11 Å20 Å20 Å2
2--5.83 Å20 Å2
3---5.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10394 0 62 859 11315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005653
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.27876
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.87 Å / Total num. of bins used: 50 /
Rfactor反射数
Rfree0.2909 103
Rwork0.2675 1562
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4TPI.PARTPI.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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