+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gpi | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cellobiohydrolase Cel7D (CBH 58) from Phanerochaete chrysosporium. Catalytic module at 1.32 Angstrom resolution | |||||||||
要素 | EXOGLUCANASE I | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / GLYCOSIDASE / CELLULASE / BETA-GLUCANASE / GLYCOPROTEIN / CELLULOSE DEGRADATION / ENZYME / REACTION CENTER / EXTRACELLULAR / EXOGLUCANASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / cellulose binding / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | PHANEROCHAETE CHRYSOSPORIUM (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å | |||||||||
データ登録者 | Munoz, I.G. / Mowbray, S.L. / Stahlberg, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Family 7 Cellobiohydrolases from Phanerochaete Chrysosporium: Crystal Structure of the Catalytic Module of Cel7D (Cbh58) at 1.32 Angstrom Resolution and Homology Models of the Isozymes. 著者: Munoz, I.G. / Ubhayasekera, W. / Henriksson, H. / Szabo, I. / Pettersson, G. / Johansson, G. / Mowbray, S.L. / Stahlberg, J. | |||||||||
履歴 |
| |||||||||
Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gpi.cif.gz | 103 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1gpi.ent.gz | 77.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gpi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gpi_validation.pdf.gz | 457 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1gpi_full_validation.pdf.gz | 463.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1gpi_validation.xml.gz | 22.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gpi_validation.cif.gz | 34.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/1gpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/1gpi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2celS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45777.141 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC MODULE, RESIDUES 19-450 / 由来タイプ: 天然 詳細: EXTRACELLULAR PROTEIN OBTAINED FROM THE FED-BATCH CULTIVATION OF P. CHRYSOSPORIUM STRAIN K3 USING CELLULOSE (AVICEL) AS A CARBON SOURCE 由来: (天然) PHANEROCHAETE CHRYSOSPORIUM (菌類) / 株: K3 参照: UniProt: Q09431, UniProt: Q7LIJ0*PLUS, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) |
---|---|
#2: 糖 | ChemComp-NAG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | REMOVES CELLOBIOSE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7 詳細: 22.5% PEG5000, 5 MM CACL2, 10 MM TRIS-HCL, PH 7.0, 12.5% GLYCEROL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.906 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.906 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.32→13 Å / Num. obs: 89559 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.028 / Net I/σ(I): 17.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.32→1.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.206 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 96.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 13 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2CEL 解像度: 1.32→13 Å / SU B: 3.058 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.067 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.32→13 Å
| ||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 13 Å / Rfactor obs: 0.1875 / Rfactor Rfree: 0.2269 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|