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- PDB-1gou: Ribonuclease Binase (G Specific Endonuclease) Unliganded Form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gou
タイトルRibonuclease Binase (G Specific Endonuclease) Unliganded Form
要素RIBONUCLEASE
キーワードHYDROLASE / ENDORIBONUCLEASE / NUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Barnase / Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種BACILLUS INTERMEDIUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Polyakov, K.M. / Lebedev, A.A. / Dodson, G.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: The Structure of Substrate-Free Microbial Ribonuclease Binase and of its Complexes with 3'Gmp and Sulfate Ions
著者: Polyakov, K.M. / Lebedev, A.A. / Okorokov, A.L. / Panov, K.I. / Schulga, A.A. / Pavlovsky, A.G. / Karpeisky, M.Y.A. / Dodson, G.G.
履歴
登録2001年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月30日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: diffrn_source / struct / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct.title
改定 1.42019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE
B: RIBONUCLEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9492
ポリマ－25,9492
非ポリマー00
水4,594255
1
A: RIBONUCLEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9741
ポリマ－12,9741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: RIBONUCLEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9741
ポリマ－12,9741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)115.030, 33.290, 78.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE / BINASE / G SPECIFIC ENDONUCLEASE


分子量: 12974.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: UNLIGANDED FORM
由来: (組換発現) BACILLUS INTERMEDIUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P00649, EC: 3.1.27.3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.53 %
結晶化pH: 9 / 詳細: pH 9.00
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112-13 mg/mlprotein1drop
212 %PEG120001drop
325 mMphosphate1droppH7.0
43 %satammonium sulfate1drop
523-24 %PEG120001reservoir
650 mMglycerol1reservoirpH7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / タイプ: EMBL/DESY, HAMBURG / 波長: 0.98
検出器詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→10 Å / Num. obs: 28989 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4 %
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Num. obs: 30591 / % possible obs: 96 % / Num. measured all: 95418 / Rmerge(I) obs: 0.039
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 1.69 Å / % possible obs: 94.1 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 7.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.00精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BLANC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.39 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.176 1546 5.1 %RANDOM
Rwork0.14 ---
obs-28989 96.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1726 0 0 255 1981
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0211816
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021625
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.0771.9292465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg2.55533741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022074
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02434
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.1276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1540.11477
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.11039
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.1121
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1290.15
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1980.118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1110.123
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8221.51103
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.77121768
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2693713
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8034.5697
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.175 114
Rwork0.144 2029
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5.1.00 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.14 / Rfactor Rfree: 0.176 / Rfactor Rwork: 0.14
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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