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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gom | ||||||||||||
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タイトル | Thermostable xylanase I from Thermoascus aurantiacus- Crystal form I | ||||||||||||
![]() | ENDO-1,4-BETA-XYLANASE | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / XYLANASE / FAMILY 10 / PLANT CELL WALL DEGRADATION | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Lo Leggio, L. / Pickersgill, R.W. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Substrate Specificity and Subsite Mobility in T. Aurantiacus Xylanase 10A 著者: Lo Leggio, L. / Kalogiannis, S. / Eckert, K. / Teixeira, S.C.M. / Bhat, M.K. / Andrei, C. / Pickersgill, R.W. / Larsen, S. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Anisotropic Refinement of the Structure of Thermoascus Aurantiacus Xylanase I 著者: Teixeira, S. / Lo Leggio, L. / Pickersgill, R. / Cardin, C. #2: ジャーナル: Proteins: Struct., Funct., Genet. / 年: 1999 タイトル: High Resolution Structure and Sequence of T. Aurantiacus Xylanase I: Implications for the Evolution of Thermostability in Family 10 Xylanases and Enzymes with Beta/Alpha Barrel Architecture 著者: Lo Leggio, L. / Kalogiannis, S. / Bhat, M.K. / Pickersgill, R.W. #3: ジャーナル: Biochem.Soc.Trans. / 年: 1998 タイトル: Superfamilies: The 4/7 Superfamily of Beta/ Alpha-Barrel Glycosidases and the Right-Handed Parallel Beta-Helix Superfamily 著者: Pickersgill, R. / Harris, G. / Lo Leggio, L. / Mayans, O. / Jenkins, J. #4: ![]() 年: 1997 タイトル: Structure Solution of Thermoascus Aurantiacus Xylanase. Structural Studies of Xylanases and Endoglucanases 著者: Lo Leggio, L. | ||||||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 362.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 362.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32890.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | RESIDUES 1-26 REFER TO THE SIGNAL PEPTIDE IT IS NOT KNOWN IF GLN 303 IS PRESENT IN THE CRYSTAL |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.3 % / 解説: THE PH OF CRYSTALLIZATION WAS NOT BUFFERED |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: HANGING DROPS CONTAINING 1:1 RATIO OF 20 MG/ML PROTEIN SOLUTION AND RESERVOIR SOLUTION (12 % TO 25 % PEG 6,000)., pH 7.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MULTIWIRE XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→33.33 Å / Num. obs: 15469 / % possible obs: 81.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.071 |
反射 シェル | 解像度: 1.92→2.05 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / % possible all: 35 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2EXO 解像度: 1.92→33.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 100000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.5 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.47 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.92→33.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.92→1.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.047 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP |