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- PDB-1go5: Structure of the C-terminal FG-binding domain of human Tap -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1go5
タイトルStructure of the C-terminal FG-binding domain of human Tap
要素TIP ASSOCIATING PROTEIN
キーワードNUCLEAR TRANSPORT / MRNA EXPORT / UBA / NUCLEOPORINS
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear RNA export factor complex / nuclear inclusion body / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mRNA export from nucleus / nuclear pore / cytoplasmic stress granule ...nuclear RNA export factor complex / nuclear inclusion body / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mRNA export from nucleus / nuclear pore / cytoplasmic stress granule / protein transport / nuclear speck / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear RNA export factor Tap, RNA-binding domain / Tap, RNA-binding / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. ...Nuclear RNA export factor Tap, RNA-binding domain / Tap, RNA-binding / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Ubiquitin-associated (UBA) domain / UBA-like superfamily / NTF2-like domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear RNA export factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Grant, R.P. / Hurt, E. / Neuhaus, D. / Stewart, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structure of the C-Terminal Fg-Nucleoporin Binding Domain of Tap/Nxf1
著者: Grant, R.P. / Hurt, E. / Neuhaus, D. / Stewart, M.
履歴
登録2001年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年1月15日Group: Data collection / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TIP ASSOCIATING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7191
ポリマ－7,7191
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)26 / 50RESTRAINT VIOLATIONS AND RMSD PROFILE
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 TIP ASSOCIATING PROTEIN / TAP / NUCLEAR RNA EXPORT FACTOR 1


分子量: 7718.598 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 551-619 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PMW172 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9UBU9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121DQF-COSY
131TOCSY
141DQ-CORR
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING HOMONUCLEAR NMR SPECTROSCOPY ON SAMPLES AT NATURAL ISOTOPIC ABUNDANCE

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試料調製

試料状態イオン強度: 0.07 / pH: 6 / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: RESTRAINT VIOLATIONS AND RMSD PROFILE
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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