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万見
- PDB-1gnu: GABA(A) receptor associated protein GABARAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gnu
タイトルGABA(A) receptor associated protein GABARAP
要素GABARAP
キーワードTRANSPORT / UBIQUITIN-LIKE / RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Macroautophagy / beta-tubulin binding ...positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Macroautophagy / beta-tubulin binding / autophagosome membrane / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / axoneme / autophagosome assembly / autophagosome maturation / smooth endoplasmic reticulum / protein targeting / mitophagy / sperm midpiece / autophagosome / GABA-ergic synapse / microtubule cytoskeleton organization / protein transport / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / actin cytoskeleton / microtubule binding / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / microtubule / lysosome / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Knight, D. / Harris, R. / Moss, S. / Driscoll, P.C. / Keep, N.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: The X-Ray Crystal Structure and Putative Ligand-Derived Peptide Binding Properties of Gamma-Aminobutyric Acid Receptor Type a Receptor-Associated Protein
著者: Knight, D. / Harris, R. / Mcalister, M. / Phelan, J. / Geddes, S. / Moss, S. / Driscoll, P.C. / Keep, N.H.
履歴
登録2001年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GABARAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0012
ポリマ－13,9421
非ポリマー591
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)30.013, 55.124, 64.418
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GABARAP / GABA(A) RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN / GABARAP / FLC3B / MM46 (HT004 PROTEIN) (MAP1 LIGHT CHAIN 3 ...GABA(A) RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN / GABARAP / FLC3B / MM46 (HT004 PROTEIN) (MAP1 LIGHT CHAIN 3 RELATED PROTEIN)


分子量: 13942.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: NEURONAL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O95166
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 18MG/ML GABARAP, 50MM TRIS PH8.5, 0.25M NACL,10%(W/V) PEGMONO, pH 8.50
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
136 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1drop
30.5 M1droppH7.0NaCl
40.1 MTris1reservoirpH8.5
520 %(w/v)PEG2000MME1reservoir
610 mMnickel(II) chloride hexahydrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→22 Å / Num. obs: 11007 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 95.1
反射
*PLUS
最低解像度: 22 Å / Num. measured all: 82560
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.1 % / Num. unique obs: 1540 / Num. measured obs: 11020

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EO6

1eo6


解像度: 1.75→41.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.97 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. CONSTANT COMPONENT OF SCATTERING FACTOR FOR NI(II) SET TO -7.00 IN ATOMSF.LIB TO COMPENSATE FOR BEING NEAR THE NICKEL EDGE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 533 4.9 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.203 10450 97.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→41.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数987 0 1 100 1088
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0221025
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.1071.9631379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg0.95632179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021111
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02230
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.3224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2210.3919
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.51
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2920.5106
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.34503
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1702
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2690.314
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1590.329
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.270.512
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.33901
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2641.5590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2042962
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3743435
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4054.5417
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.298 33
Rwork0.375 746
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.952 Å / Origin y: 1.026 Å / Origin z: 6.919 Å
111213212223313233
T0.0178 Å20.0063 Å2-0.011 Å2-0.0293 Å20.0096 Å2--0.0136 Å2
L1.974 °2-1.0566 °20.0508 °2-4.5831 °20.9782 °2--1.482 °2
S0.0506 Å °0.0993 Å °0.0058 Å °-0.2357 Å °-0.0698 Å °-0.0358 Å °-0.0846 Å °-0.0069 Å °0.0192 Å °
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 22 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.8 Å / Rfactor obs: 0.375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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