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- PDB-1gnf: SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL ZINC FINGER OF MURINE GATA-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gnf
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL ZINC FINGER OF MURINE GATA-1, NMR, 25 STRUCTURES
要素TRANSCRIPTION FACTOR GATA-1
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION / ZINC FINGER
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of primitive erythrocyte differentiation / basophil differentiation / eosinophil fate commitment / regulation of definitive erythrocyte differentiation / regulation of glycoprotein biosynthetic process / myeloid cell apoptotic process / primitive erythrocyte differentiation / megakaryocyte differentiation / osteoblast proliferation / cell development ...regulation of primitive erythrocyte differentiation / basophil differentiation / eosinophil fate commitment / regulation of definitive erythrocyte differentiation / regulation of glycoprotein biosynthetic process / myeloid cell apoptotic process / primitive erythrocyte differentiation / megakaryocyte differentiation / osteoblast proliferation / cell development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Sertoli cell development / dendritic cell differentiation / negative regulation of bone mineralization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / positive regulation of mast cell degranulation / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / myeloid cell differentiation / C2H2 zinc finger domain binding / DNA binding, bending / embryonic hemopoiesis / platelet formation / bone mineralization / positive regulation of osteoblast proliferation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / animal organ regeneration / erythrocyte development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / homeostasis of number of cells within a tissue / cellular response to cAMP / transcription repressor complex / erythrocyte differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / transcription coregulator binding / transcription coactivator binding / protein-DNA complex / chromatin DNA binding / platelet aggregation / p53 binding / cell-cell signaling / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / in utero embryonic development / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell population proliferation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor GATA / GATA-type zinc finger domain. / GATA-type zinc finger domain profile. / zinc finger binding to DNA consensus sequence [AT]GATA[AG] / GATA zinc finger / Zinc finger, GATA-type / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Erythroid transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Kowalski, K. / Czolij, R. / King, G.F. / Crossley, M. / Mackay, J.P.
引用ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1999
タイトル: The solution structure of the N-terminal zinc finger of GATA-1 reveals a specific binding face for the transcriptional co-factor FOG.
著者: Kowalski, K. / Czolij, R. / King, G.F. / Crossley, M. / Mackay, J.P.
履歴
登録1998年10月12日処理サイト: BNL
改定 1.01999年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION FACTOR GATA-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2652
ポリマ－5,2001
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 1000LOWEST RESIDUAL RESTRAINT VIOLATIONS
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TRANSCRIPTION FACTOR GATA-1


分子量: 5199.939 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL ZINC FINGER / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: BL21 / プラスミド: PGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P17679
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TOCSY
121DQFCOSY
131NOESY
141ECOSY
151HSQC
161TOCSY-HSQC
171NOESY-HSQC
181J-MODULATED HMQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING HOMONUCLEAR 1H, AND HETERONUCLEAR 1H/15N NMR SPECTROSCOPY

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試料調製

詳細内容: 95% H2O:5% D2O
試料状態pH: 5.4 / 圧: 1 atm / 温度: 288 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMX600BrukerAMX6006001
Bruker DRX500BrukerDRX5006002

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.843モデル構築
X-PLOR3.843精密化
X-PLOR3.843位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.843BRUNGER精密化
DIANA2.12構造決定
X-PLOR3.843構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST RESIDUAL RESTRAINT VIOLATIONS
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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