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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gn6 | ||||||
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タイトル | G152A mutant of Mycobacterium tuberculosis iron-superoxide dismutase. | ||||||
![]() | SUPEROXIDE DISMUTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() detoxification / Tolerance of reactive oxygen produced by macrophages / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / manganese ion binding / response to oxidative stress / periplasmic space / iron ion binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bunting, K.A. / Cooper, J.B. / Saward, S. / Erskine, P.T. / Badasso, M.O. / Wood, S.P. / Zhang, Y. / Young, D.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-Ray Structure Analysis of an Engineered Fe-Superoxide Dismutase Gly-Ala Mutant with Significantly Reduced Stability to Denaturant 著者: Cooper, J.B. / Saward, S. / Erskine, P.T. / Badasso, M.O. / Wood, S.P. / Zhang, Y. / Young, D.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 164.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 130.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23074.889 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P17670, UniProt: P9WGE7*PLUS, superoxide dismutase #2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 7 詳細: 100MM TRIS-HCL PH 7.0, 25% PEG 6000, PROTEIN CONCENTRATION = 3 MG/ML, 4 DEGREES CENTIGRADE. | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7.6 / PH range high: 6.6 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→99 Å / Num. obs: 60000 / % possible obs: 88.2 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.154 |
反射 | *PLUS Num. obs: 14468 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.9→20 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.169 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |