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- PDB-1gn1: crystal structure of the mouse CCT gamma apical domain (monoclinic) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gn1
タイトルcrystal structure of the mouse CCT gamma apical domain (monoclinic)
要素CCT-GAMMA
キーワードCHAPERONE / CHAPERONIN / ACTIN / TUBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / zona pellucida receptor complex / positive regulation of establishment of protein localization to telomere / binding of sperm to zona pellucida / chaperonin-containing T-complex / chaperone-mediated protein folding / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding ...Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / zona pellucida receptor complex / positive regulation of establishment of protein localization to telomere / binding of sperm to zona pellucida / chaperonin-containing T-complex / chaperone-mediated protein folding / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / myelin sheath / cell body / microtubule / protein stabilization / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
GroEL / GroEL / T-complex protein 1, gamma subunit / Chaperonins TCP-1 signature 1. / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily ...GroEL / GroEL / T-complex protein 1, gamma subunit / Chaperonins TCP-1 signature 1. / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-complex protein 1 subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Pappenberger, G. / Wilsher, J.A. / Roe, S.M. / Willison, K.R. / Pearl, L.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of the Cct Gamma Apical Domain:: Implications for Substrate Binding to the Eukaryotic Cytosolic Chaperonin
著者: Pappenberger, G. / Wilsher, J.A. / Roe, S.M. / Counsell, D.J. / Willison, K.R. / Pearl, L.H.
履歴
登録2001年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCT-GAMMA
B: CCT-GAMMA
C: CCT-GAMMA
D: CCT-GAMMA
E: CCT-GAMMA
F: CCT-GAMMA
G: CCT-GAMMA
H: CCT-GAMMA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,23810
ポリマ－165,1588
非ポリマー802
水81145
1
A: CCT-GAMMA
B: CCT-GAMMA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2892
ポリマ－41,2892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: CCT-GAMMA
D: CCT-GAMMA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2892
ポリマ－41,2892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
E: CCT-GAMMA
F: CCT-GAMMA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3293
ポリマ－41,2892
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
G: CCT-GAMMA
H: CCT-GAMMA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3293
ポリマ－41,2892
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)60.244, 234.229, 62.703
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE KNOWN BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATEOF THE MOLECULE IS THE MONOMER . TOGETHER WITH THE SEVENOTHER SUBUNITS OF CCT, IT IS PART OF A DOUBLE TOROIDALQUATERNARY STRUCTURE OF 2X8 SUBUNITS.

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要素

#1: タンパク質
CCT-GAMMA / GAMMA SUBUNIT (TCP-1-GAMMA) / (MATRICIN)


分子量: 20644.701 Da / 分子数: 8 / 断片: APICAL DOMAIN, RESIDUES 209-380 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET11C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P80318
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5
詳細: CRYSTALS GROWN BY MICROBATCH METHOD (UNDER OIL) USING A 1:1 MIXTURE OF 30MG/ML PROTEIN, 400MM NACL, 20% GLYCEROL, 8MM TRIS PH8.0, 0.4MM EDTA AND 14% PEG 8K, 100MM NA-CACODYLATE PH6.5, 40MM ...詳細: CRYSTALS GROWN BY MICROBATCH METHOD (UNDER OIL) USING A 1:1 MIXTURE OF 30MG/ML PROTEIN, 400MM NACL, 20% GLYCEROL, 8MM TRIS PH8.0, 0.4MM EDTA AND 14% PEG 8K, 100MM NA-CACODYLATE PH6.5, 40MM CA(OAC)2, 40% GLYCEROL, pH 6.50
結晶化
*PLUS
温度: 14 ℃ / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
130 mg/mlprotein11
28 mMTris11pH8.0
3400 mM11NaCl
40.4 mMEDTA11
520 %glycerol11
6100 mMsodium cacodylate11pH6.5
714 %(w/v)PEG800011
840 mM11Ca(OAc)2
940 %glycerol11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.92
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 32855 / % possible obs: 85.2 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 100.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.94 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 74.1
反射
*PLUS
最低解像度: 29 Å / Num. obs: 33738
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GML

1gml


解像度: 2.8→29.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1054377.25 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD USING AMPLITUDES
詳細: NO INTERPRETABLE DENSITY WAS FOUND FOR THE LOOPS A250 - A260, B249 - B270, C248 - C272, D248 - D266, E248 - E272, F250 - F262, G249 - G261, H248 - H264 NO INTERPRETABLE DENSITY WAS FOUND FOR ...詳細: NO INTERPRETABLE DENSITY WAS FOUND FOR THE LOOPS A250 - A260, B249 - B270, C248 - C272, D248 - D266, E248 - E272, F250 - F262, G249 - G261, H248 - H264 NO INTERPRETABLE DENSITY WAS FOUND FOR SEVERAL SIDECHAINS THESE WERE TRUNCATED AT CB
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1632 5 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.238 32815 84.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.4219 Å2 / ksol: 0.288995 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 83.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.48 Å20 Å229.12 Å2
2---24.03 Å20 Å2
3---12.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.61 Å0.47 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.68 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8971 0 2 45 9018
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.761.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.622.5
Refine LS restraints NCSRms dev Biso : 5 Å2 / Weight position: 2000
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.464 231 4.8 %
Rwork0.433 4540 -
obs--73.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.287
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0096
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.34
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.98
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.433

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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