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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gjb | ||||||
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タイトル | ENGINEERING INHIBITORS HIGHLY SELECTIVE FOR THE S1 SITES OF SER190 TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEASE DRUG TARGETS | ||||||
要素 | (UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR) x 2 | ||||||
キーワード | BLOOD CLOTTING / hydrolase / selectivity at S1 / H2O displacement / uPA / tPA / Ser190/Ala190 protease / structure-based drug design | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of signaling receptor activity ...u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of signaling receptor activity / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / smooth muscle cell migration / plasminogen activation / regulation of cell adhesion mediated by integrin / tertiary granule membrane / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cell adhesion / specific granule membrane / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / chemotaxis / blood coagulation / regulation of cell population proliferation / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Katz, B.A. / Sprengeler, P.A. / Luong, C. / Verner, E. / Spencer, J.R. / Breitenbucher, J.G. / Hui, H. / McGee, D. / Allen, D. / Martelli, A. / Mackman, R.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2001 タイトル: Engineering inhibitors highly selective for the S1 sites of Ser190 trypsin-like serine protease drug targets. 著者: Katz, B.A. / Sprengeler, P.A. / Luong, C. / Verner, E. / Elrod, K. / Kirtley, M. / Janc, J. / Spencer, J.R. / Breitenbucher, J.G. / Hui, H. / McGee, D. / Allen, D. / Martelli, A. / Mackman, R.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gjb.cif.gz | 136.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gjb.ent.gz | 108.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gjb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gjb_validation.pdf.gz | 699.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gjb_full_validation.pdf.gz | 710.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1gjb_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gjb_validation.cif.gz | 27 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/1gjb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/1gjb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2708.183 Da / 分子数: 1 / 断片: SHORT CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: P.PASTORIS / プラスミド: PPIC9LMWUPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00749 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 28435.428 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / Mutation: N145A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: P.PASTORIS / プラスミド: PPIC9LMWUPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00749, u-plasminogen activator | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-130 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 2-propanol, PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Katz, B.A., (2000) Chem.Biol., 7, 299. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.68→40.04 Å / Num. all: 28608 / Num. obs: 14609 / % possible obs: 51.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.256 / Num. unique all: 665 / % possible all: 27.7 |
反射 | *PLUS Num. obs: 13323 / Rmerge(I) obs: 0.101 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.9→7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.9 / 立体化学のターゲット値: X-PLOR force field 詳細: Only Leu_A9 to Lys_A16 are included for the A-chain. Residues prior and after these residues are not visible (disordered). Residues after Lys_B243 are not visible (disordered). Residues ...詳細: Only Leu_A9 to Lys_A16 are included for the A-chain. Residues prior and after these residues are not visible (disordered). Residues after Lys_B243 are not visible (disordered). Residues simultaneously refined in two or more conformations are: Met_B47, Glu_B86, Thr_B139, Gln_B192, Leu_B235 Disordered waters are: HOH15 which is close to HOH16; HOH18 which is close to HOH19; HOH174 which is close to a symmetry-related equivalent of itself; HOH290 which is close to HOH291; HOH386 which is close to HOH387; HOH593 which is close to HOH594; HOH832 which is close to HOH833; No energy terms between citrate 1 and 2 are included because they are hydrogen-bonded to one another via an unusually short hydrogen bond between carboxylate / hydroxyl groups. No energy terms are included among HOH_849, and OgSer195, and O6' of the inhibitor. These atoms form a very short multi-centered hydrogen-bonding network.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→7 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.209 / Rfactor obs: 0.205 / Rfactor Rwork: 0.205 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.98 Å / Rfactor Rwork: 0.209 / Rfactor obs: 0.209 |