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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gja | ||||||
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タイトル | ENGINEERING INHIBITORS HIGHLY SELECTIVE FOR THE S1 SITES OF SER190 TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEASE DRUG TARGETS | ||||||
要素 | (UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR) x 2 | ||||||
キーワード | BLOOD CLOTTING / hydrolase / selectivity at S1 / H2O displacement / uPA / tPA / Ser190/Ala190 protease / structure-based drug design | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of signaling receptor activity ...u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of signaling receptor activity / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / smooth muscle cell migration / plasminogen activation / regulation of cell adhesion mediated by integrin / tertiary granule membrane / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cell adhesion / specific granule membrane / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / chemotaxis / blood coagulation / regulation of cell population proliferation / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.56 Å | ||||||
データ登録者 | Katz, B.A. / Sprengeler, P.A. / Luong, C. / Verner, E. / Spencer, J.R. / Breitenbucher, J.G. / Hui, H. / McGee, D. / Allen, D. / Martelli, A. / Mackman, R.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2001 タイトル: Engineering inhibitors highly selective for the S1 sites of Ser190 trypsin-like serine protease drug targets. 著者: Katz, B.A. / Sprengeler, P.A. / Luong, C. / Verner, E. / Elrod, K. / Kirtley, M. / Janc, J. / Spencer, J.R. / Breitenbucher, J.G. / Hui, H. / McGee, D. / Allen, D. / Martelli, A. / Mackman, R.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gja.cif.gz | 129 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gja.ent.gz | 102.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gja.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/1gja ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/1gja | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2708.183 Da / 分子数: 1 / 断片: SHORT CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: P.PASTORIS / プラスミド: PPIC9LMWUPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00749 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 28435.428 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / Mutation: N145A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: P.PASTORIS / プラスミド: PPIC9LMWUPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00749, u-plasminogen activator | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-135 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.94 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 2-propanol PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Katz, B.A., (2000) Chem.Biol., 7, 299. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.41→41.8 Å / Num. all: 48181 / Num. obs: 27315 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.26 / Num. unique all: 3808 / % possible all: 49.2 |
反射 | *PLUS Num. obs: 25786 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.56 Å / 最低解像度: 1.63 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.56→7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: X-PLOR force field 詳細: Only Pro_A5 to Thr_A17 are included for the A-chain. Residues prior and after these residues are not visible (disordered). Residues after Lys_B243 are not visible (disordered). Residues ...詳細: Only Pro_A5 to Thr_A17 are included for the A-chain. Residues prior and after these residues are not visible (disordered). Residues after Lys_B243 are not visible (disordered). Residues simultaneously refined in two or more conformations are: Met_B47, Met_B81, Ser_B95, Glu_B110B, Leu_B235 Disordered waters are: HOH7 which is close to HOH8 HOH432 which is close to HOH433 HOH588 which is close to HOH589 HOH704 which is close to HOH705 HOH838 which is close to HOH839 HOH780 which is close to HOH781 HOH1081 which is close to HOH1082 HOH1135 which is close to a symmetry-related equivalent of itself; HOH1119 which is close to HOH1120 No energy terms between citrate 1 and 2 are included because they are hydrogen-bonded to one another via an unusually short hydrogen bond between carboxylate / hydroxyl groups.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.56→7 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.187 / Rfactor obs: 0.159 / Rfactor Rwork: 0.159 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.56 Å / 最低解像度: 1.63 Å / Rfactor Rwork: 0.187 / Rfactor obs: 0.187 |