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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gik | |||||||||
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タイトル | POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN FROM SEEDS | |||||||||
要素 | ANTIVIRAL PROTEIN S | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / ALPHA+BETA | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / toxin activity / defense response to virus / negative regulation of translation 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Phytolacca americana (アメリカヤマゴボウ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Zeng, Z.H. / He, X.L. / Li, H.M. / Hu, Z. / Wang, D.C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2003 タイトル: Crystal structure of pokeweed antiviral protein with well-defined sugars from seeds at 1.8 angstrom resolution 著者: Zeng, Z.H. / He, X.L. / Li, H.M. / Hu, Z. / Wang, D.C. #1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 1998 タイトル: CRYSTALLIZATION AND PERLIMINARY CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSES OF POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN FROM SEEDS 著者: Li, H.M. / Zeng, Z.H. / Hu, Z. / Wang, D.C. #2: ジャーナル: SCI.CHINA, SER.C: LIFE SCI. / 年: 1998 タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF A POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN FROM SEEDS OF PHYTOLACCA AMERICANA AT 0.25 NM 著者: Zeng, Z.H. / JIN, L. / LI, H.M. / HU, Z. / Wang, D.C. #3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1994 タイトル: X-ray Structure of a Pokeweed Antiviral Protein, Coded by a New Genomic Clone, at 0.23 nm resolution. A Model Structure Provides a Suitable Electrostatic Field for Substrate Binding 著者: Ago, H. / Kataoka, J. / Tsuge, H. / Habuka, N. / Inagaki, E. / Noma, M. / Miyano, M. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: The 2.5 A Structure of Pokeweed Antiviral Protein 著者: Monzingo, A.F. / Collins, E.J. / Erust, S.R. / Irvin, J.D. / Robertus, J.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gik.cif.gz | 81.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gik.ent.gz | 59.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gik.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gik_validation.pdf.gz | 391 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gik_full_validation.pdf.gz | 413 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1gik_validation.xml.gz | 10.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gik_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/1gik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/1gik | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1pafS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29234.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Phytolacca americana (アメリカヤマゴボウ) 参照: UniProt: P23339, rRNA N-glycosylase | ||
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#2: 糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 305 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5 詳細: PEG6000 SODIUM PHOSPHATE, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 305K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 306 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Li, H.M., (1998) ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D, 54, 137. / PH range low: 6 / PH range high: 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年4月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 19809 / Num. obs: 19619 / % possible obs: 69.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2 % / % possible all: 52.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 23204 / % possible obs: 82 % / Num. measured all: 68617 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.88 Å / % possible obs: 69.5 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PAF 解像度: 1.8→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2754268.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 23204 / σ(F): 0 / Rfactor Rfree: 0.242 / Rfactor Rwork: 0.198 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.88 Å / Rfactor Rfree: 0.294 / Rfactor Rwork: 0.288 |