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- PDB-1gik: POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN FROM SEEDS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gik
タイトルPOKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN FROM SEEDS
要素ANTIVIRAL PROTEIN S
キーワードHYDROLASE / ALPHA+BETA
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / toxin activity / defense response to virus / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Antiviral protein S
類似検索 - 構成要素
生物種Phytolacca americana (アメリカヤマゴボウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zeng, Z.H. / He, X.L. / Li, H.M. / Hu, Z. / Wang, D.C.
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of pokeweed antiviral protein with well-defined sugars from seeds at 1.8 angstrom resolution
著者: Zeng, Z.H. / He, X.L. / Li, H.M. / Hu, Z. / Wang, D.C.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 1998
タイトル: CRYSTALLIZATION AND PERLIMINARY CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSES OF POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN FROM SEEDS
著者: Li, H.M. / Zeng, Z.H. / Hu, Z. / Wang, D.C.
#2: ジャーナル: SCI.CHINA, SER.C: LIFE SCI. / 年: 1998
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF A POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN FROM SEEDS OF PHYTOLACCA AMERICANA AT 0.25 NM
著者: Zeng, Z.H. / JIN, L. / LI, H.M. / HU, Z. / Wang, D.C.
#3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1994
タイトル: X-ray Structure of a Pokeweed Antiviral Protein, Coded by a New Genomic Clone, at 0.23 nm resolution. A Model Structure Provides a Suitable Electrostatic Field for Substrate Binding
著者: Ago, H. / Kataoka, J. / Tsuge, H. / Habuka, N. / Inagaki, E. / Noma, M. / Miyano, M.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: The 2.5 A Structure of Pokeweed Antiviral Protein
著者: Monzingo, A.F. / Collins, E.J. / Erust, S.R. / Irvin, J.D. / Robertus, J.D.
履歴
登録2001年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTIVIRAL PROTEIN S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8984
ポリマ－29,2341
非ポリマー6643
水10,701594
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.76, 78.05, 91.57
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-327-

HOH

21A-433-

HOH

31A-550-

HOH

41A-553-

HOH

51A-556-

HOH

61A-895-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ANTIVIRAL PROTEIN S / RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN


分子量: 29234.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Phytolacca americana (アメリカヤマゴボウ)
参照: UniProt: P23339, rRNA N-glycosylase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 594 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 305 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5
詳細: PEG6000 SODIUM PHOSPHATE, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 305K
結晶化
*PLUS
温度: 306 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Li, H.M., (1998) ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D, 54, 137. / PH range low: 6 / PH range high: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
1100 mg/mlprotein1drop
20.03 N1dropNaCl
330 %(w/v)PEG60001drop
40.2 M1dropNaH2PO4pH5.0-6.0
530 %PEG60001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 19809 / Num. obs: 19619 / % possible obs: 69.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2 % / % possible all: 52.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 23204 / % possible obs: 82 % / Num. measured all: 68617
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.88 Å / % possible obs: 69.5 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 8.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
WEISデータスケーリング
CCP4データ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
WEISデータ削減
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PAF

1paf


解像度: 1.8→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2754268.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1894 9.7 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.183 19619 68.8 %-
all-28503 --
原子変位パラメータBiso mean: 29.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å20 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.66 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2053 0 42 594 2689
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.04
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 270 10.9 %
Rwork0.294 2198 -
obs--53 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 23204 / σ(F): 0 / Rfactor Rfree: 0.242 / Rfactor Rwork: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.698
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.04
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.88 Å / Rfactor Rfree: 0.294 / Rfactor Rwork: 0.288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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