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万見
- PDB-1gid: CRYSTAL STRUCTURE OF A GROUP I RIBOZYME DOMAIN: PRINCIPLES OF RNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gid
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A GROUP I RIBOZYME DOMAIN: PRINCIPLES OF RNA PACKING
要素P4-P6 RNA RIBOZYME DOMAIN
キーワードRIBOZYME / RNA / P4-P6 RIBOZYME DOMAIN OF THE TETRAHYMENA GROUP I INTRON
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / MAD-SIR / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cate, J.H. / Gooding, A.R. / Podell, E. / Zhou, K. / Golden, B.L. / Kundrot, C.E. / Cech, T.R. / Doudna, J.A.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of a group I ribozyme domain: principles of RNA packing.
著者: Cate, J.H. / Gooding, A.R. / Podell, E. / Zhou, K. / Golden, B.L. / Kundrot, C.E. / Cech, T.R. / Doudna, J.A.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: RNA Tertiary Structure Mediation by Adenosine
著者: Cate, J.H. / Gooding, A.R. / Podell, E. / Zhou, K. / Golden, B.L. / Szewczak, A.A. / Kundrot, C.E. / Cech, T.R. / Doudna, J.A.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Metal-Binding Sites in the Major Groove of a Large Ribozyme Domain
著者: Cate, J.H. / Doudna, J.A.
履歴
登録1996年8月22日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01996年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE REFERENCE: MURPHY, F.L., CECH, T.R. BIOCHEMISTRY 32, 5291 (1993).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P4-P6 RNA RIBOZYME DOMAIN
B: P4-P6 RNA RIBOZYME DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,33030
ポリマ－102,1032
非ポリマー1,22828
水1086
1
A: P4-P6 RNA RIBOZYME DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,66515
ポリマ－51,0511
非ポリマー61414
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: P4-P6 RNA RIBOZYME DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,66515
ポリマ－51,0511
非ポリマー61414
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.800, 128.700, 145.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 P4-P6 RNA RIBOZYME DOMAIN


分子量: 51051.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: T7 TRANSCRIPT / 由来: (天然) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2K CACODYLATE11
3MGCL211
4SPERMINE11
5[CO(NH3)6]CL311
6WATER12
7MPD12
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
160 mMpotassium cacodylate1reservoir
230 mMmagnesium chloride1reservoir
30.3 mMspermine1reservoir
40.2-1.0 mMcobalt hexammine chloride1reservoir
5methylpentanediol1reservoir
61
71

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1
検出器検出器: CCD / 日付: 1995年12月30日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→18 Å / Num. obs: 36401 / % possible obs: 73 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 2.77→2.86 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Rsym value: 0.264 / % possible all: 80.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAD-SIRモデル構築
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
CCP4データスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: MAD-SIR / 解像度: 2.5→8 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2
詳細: NUCLEIC ACID RNA-DNA PARAMETER FILE: G. PARKINSON,ET AL. (1996) ACTA CRYST. D52, 57-64
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1788 5.4 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.242 35100 73.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 45 Å2
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 6766 52 6 6824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.27
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d13.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.78
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.87
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.98
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.59
Refine LS restraints NCSNCS model details: 14 GROUPS
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.51 72 5 %
Rwork0.398 1368 -
obs--60.3 %
Xplor fileSerial no: 2 / Param file: DNA-RNA-MULTI-ENDO.PARAM / Topol file: DNA-RNA-MULTI-ENDO.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 45 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg13.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.78
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.98
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.87
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.59
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.51 / % reflection Rfree: 5 % / Total num. of bins used: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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