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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ghs | ||||||
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タイトル | THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF TWO PLANT BETA-GLUCAN ENDOHYDROLASES WITH DISTINCT SUBSTRATE SPECIFICITIES | ||||||
![]() | 1,3-BETA-GLUCANASE | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() (1->3)-beta-D-glucan catabolic process / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / defense response to fungus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Garrett, T.P.J. / Varghese, J.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structures of two plant beta-glucan endohydrolases with distinct substrate specificities. 著者: Varghese, J.N. / Garrett, T.P. / Colman, P.M. / Chen, L. / Hoj, P.B. / Fincher, G.B. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of (1,3)-and (1,3;1,4)-Beta--D-Glucanases from Germinating Barley 著者: Chen, L. / Garrett, T.P.J. / Varghese, J.N. / Fincher, G.B. / Hoj, P.B. #2: ![]() タイトル: Evolution of Polysaccharide Hydrolase Substrate Specificity 著者: Chen, L. / Fincher, G.B. / Hoj, P.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 371.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 376.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 82 / 2: CIS PROLINE - PRO A 138 3: PHE A 274 - ALA A 275 OMEGA = 0.24 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 4: CIS PROLINE - PRO B 82 / 5: CIS PROLINE - PRO B 138 6: PHE B 274 - ALA B 275 OMEGA = 0.07 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.4929, 0.8692, -0.0394), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32377.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.14 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 32509 / % possible obs: 78.4 % / Num. measured all: 114164 / Rmerge(I) obs: 0.098 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→6 Å / σ(F): 4 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.68 |