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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gh7 | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLETE EXTRACELLULAR DOMAIN OF THE BETA-COMMON RECEPTOR OF IL-3, IL-5, AND GM-CSF | |||||||||
![]() | CYTOKINE RECEPTOR COMMON BETA CHAIN | |||||||||
![]() | CYTOKINE RECEPTOR / Dimer of interlocking chains of fibronectin-III domains Four fibronectin-III domains per chain | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Surfactant metabolism / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway ...Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Surfactant metabolism / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway / cytokine receptor activity / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / immunoglobulin mediated immune response / Interleukin receptor SHC signaling / coreceptor activity / cytokine-mediated signaling pathway / signaling receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / response to lipopolysaccharide / external side of plasma membrane / signal transduction / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Carr, P.D. / Gustin, S.E. / Church, A.P. / Murphy, J.M. / Ford, S.C. / Mann, D.A. / Woltring, D.M. / Walker, I. / Ollis, D.L. / Young, I.G. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the complete extracellular domain of the common beta subunit of the human GM-CSF, IL-3, and IL-5 receptors reveals a novel dimer configuration. 著者: Carr, P.D. / Gustin, S.E. / Church, A.P. / Murphy, J.M. / Ford, S.C. / Mann, D.A. / Woltring, D.M. / Walker, I. / Ollis, D.L. / Young, I.G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 172.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 136.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47812.473 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN / 変異: N328Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 細胞株: CELL LINE HL60 DERIVED FROM A PROMYELOCYTIC LEUKEMIA プラスミド: PBACPAK8 (CLONTECH) 細胞株 (発現宿主): BTI-TN-5BI-4 (HIGH FIVE) INVITROGEN 発現宿主: ![]() #2: 多糖 | #3: 多糖 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.66 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG MME 5000, Phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION/HANGING DROP, temperature 277K |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年7月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0085 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→35 Å / Num. all: 281274 / Num. obs: 281274 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.31 / Num. unique all: 2687 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. obs: 26568 / Num. measured all: 281274 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Num. unique obs: 2687 / Rmerge(I) obs: 0.31 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3→35 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Least squares minimization of amplitudes using X-PLOR followed by maximum likelihood refinement of amplitudes using CNS
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→35 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 35 Å / Rfactor obs: 0.267 / Rfactor Rfree: 0.304 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.0092 |