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万見
- PDB-1gh2: Crystal structure of the catalytic domain of a new human thioredo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gh2
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of a new human thioredoxin-like protein
要素THIOREDOXIN-LIKE PROTEIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / Redox-active center
機能・相同性
機能・相同性情報


disulfide oxidoreductase activity / RHOBTB1 GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / protein-disulfide reductase activity / RHOBTB2 GTPase cycle / proteasome complex ...disulfide oxidoreductase activity / RHOBTB1 GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / protein-disulfide reductase activity / RHOBTB2 GTPase cycle / proteasome complex / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PITH domain / PITH domain superfamily / PITH domain / PITH domain profile. / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Glutaredoxin ...PITH domain / PITH domain superfamily / PITH domain / PITH domain profile. / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Jin, J. / Chen, X. / Guo, Q. / Yuan, J. / Qiang, B. / Rao, Z.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the catalytic domain of a human thioredoxin-like protein.
著者: Jin, J. / Chen, X. / Zhou, Y. / Bartlam, M. / Guo, Q. / Liu, Y. / Sun, Y. / Gao, Y. / Ye, S. / Li, G. / Rao, Z. / Qiang, B. / Yuan, J.
履歴
登録2000年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOREDOXIN-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6281
ポリマ－11,6281
非ポリマー00
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.5, 48.5, 29.8
Angle α, β, γ (deg.)90, 99.59, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 THIOREDOXIN-LIKE PROTEIN


分子量: 11628.187 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2 - 108, CATALYTIC N-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: FETAL BRAIN / プラスミド: PGEX-4T-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43396
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5
詳細: ammonium sulfate, pH 5.0, EVAPORATION, temperature 291.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
一般名: ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 115 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→100 Å / Num. all: 6184 / Num. obs: 6170 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.22→2.3 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.316 / Num. unique all: 624 / % possible all: 98.7
反射
*PLUS
Num. obs: 6710 / % possible obs: 99.8 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.7 % / Num. unique obs: 624

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化解像度: 2.22→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: CNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 337 -
Rwork0.221 --
all-6026 -
obs-5689 92.3 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数816 0 0 44 860
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.975
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.222
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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