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- PDB-1gh1: NMR STRUCTURES OF WHEAT NONSPECIFIC LIPID TRANSFER PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gh1
タイトルNMR STRUCTURES OF WHEAT NONSPECIFIC LIPID TRANSFER PROTEIN
要素NONSPECIFIC LIPID TRANSFER PROTEIN
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / 4-HELIX WINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid transport / lipid binding
類似検索 - 分子機能
Plant lipid transfer proteins signature. / Plant non-specific lipid-transfer protein/Par allergen / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-specific lipid-transfer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Gincel, E. / Simorre, J.P. / Caille, A. / Marion, D. / Ptak, M. / Vovelle, F.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1994
タイトル: Three-dimensional structure in solution of a wheat lipid-transfer protein from multidimensional 1H-NMR data. A new folding for lipid carriers.
著者: Gincel, E. / Simorre, J.P. / Caille, A. / Marion, D. / Ptak, M. / Vovelle, F.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1994
タイトル: Three-dimensional Structure in Solution of a Wheat Lipid-transfer Protein from Multidimensional 1H-NMR Data. A New Folding for Lipid Carriers.
著者: Gincel, E. / Simorre, J.P. / Caille, A. / Marion, D. / Ptak, M. / Vovelle, F.
履歴
登録2000年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2000年11月22日ID: 1lpt
改定 1.02000年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月15日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_related / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_related.db_name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NONSPECIFIC LIPID TRANSFER PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6191
ポリマ－9,6191
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5370 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 50agreement with experimental NOESY spectra
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 NONSPECIFIC LIPID TRANSFER PROTEIN


分子量: 9618.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 器官: SEEDS / 参照: UniProt: P24296

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D 1H-NOESY, 60-ms mixing time

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試料調製

詳細内容: 4mM lipid transfer protein, 50mM acetate buffer; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 50mM acetate buffer / pH: 5.3 / 圧: ambient / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
UXNMRBruker解析
XEASYC.Bartels (1995)データ解析
DIANAP. Guntert (1991)データ解析
X-PLOR3.1A.T. Brunger精密化
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1142 restraints, 1086 are NOE-derived distance constraints, 56 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: agreement with experimental NOESY spectra
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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