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- PDB-1gfl: STRUCTURE OF GREEN FLUORESCENT PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gfl
タイトルSTRUCTURE OF GREEN FLUORESCENT PROTEIN
要素GREEN FLUORESCENT PROTEIN
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / FLUOROPHORE GREEN FLUORESCENT PROTEIN / LUMINESCENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yang, F. / Moss, L.G. / Phillips Jr., G.N.
引用
ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 1996
タイトル: The molecular structure of green fluorescent protein.
著者: Yang, F. / Moss, L.G. / Phillips Jr., G.N.
#1: ジャーナル: Trends Biochem.Sci. / 年: 1995
タイトル: Understanding, Improving and Using Green Fluorescent Proteins
著者: Cubitt, A.B. / Heim, R. / Adams, S.R. / Boyd, A.E. / Gross, L.A. / Tsien, R.Y.
履歴
登録1996年8月23日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月24日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GREEN FLUORESCENT PROTEIN
B: GREEN FLUORESCENT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7832
ポリマ－53,7832
非ポリマー00
水5,405300
1
A: GREEN FLUORESCENT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8911
ポリマ－26,8911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GREEN FLUORESCENT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8911
ポリマ－26,8911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.226, 89.226, 119.771
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.950278, 0.287772, 0.118992), (0.294841, 0.708504, 0.641164), (0.100202, 0.644367, -0.758123)
ベクター: 7.36697, 13.04218, -38.10565)

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要素

#1: タンパク質 GREEN FLUORESCENT PROTEIN


分子量: 26891.271 Da / 分子数: 2 / 変異: Q80R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
プラスミド: PTU58 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE FLUOROPHORE IS FORMED BY SER 65, TYR 66 AND GLY 67. THE CARBONYL CARBON OF TYR 66 IS BONDED TO ...THE FLUOROPHORE IS FORMED BY SER 65, TYR 66 AND GLY 67. THE CARBONYL CARBON OF TYR 66 IS BONDED TO THE NITROGEN OF GLY 67. THE CARBONYL OXYGEN IS DELETED. THE SIDE CHAIN OF TYR 66 IS DEHYDROGENATED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.48 %
結晶化pH: 7 / 詳細: FREE TEXT GOES HERE., pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 299 K
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月25日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 38472 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.077

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.9→10 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 --
Rwork0.214 --
obs0.214 37225 96.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3650 0 0 300 3950
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.79
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d29.47
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.386
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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