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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gey | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HISTIDINOL-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE COMPLEXED WITH N-(5'-PHOSPHOPYRIDOXYL)-L-GLUTAMATE | ||||||
要素 | HISTIDINOL-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / alpha/beta-structure / N-(5'-PHOSPHOPYRIDOXYL)-L-GLUTAMATE / PPE / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histidinol-phosphate transaminase / histidinol-phosphate transaminase activity / L-histidine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Haruyama, K. / Nakai, T. / Miyahara, I. / Hirotsu, K. / Mizuguchi, H. / Hayashi, H. / Kagamiyama, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Structures of Escherichia coli histidinol-phosphate aminotransferase and its complexes with histidinol-phosphate and N-(5'-phosphopyridoxyl)-L-glutamate: double substrate recognition of the enzyme. 著者: Haruyama, K. / Nakai, T. / Miyahara, I. / Hirotsu, K. / Mizuguchi, H. / Hayashi, H. / Kagamiyama, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gey.cif.gz | 81.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gey.ent.gz | 59.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gey.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gey_validation.pdf.gz | 446 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gey_full_validation.pdf.gz | 447.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1gey_validation.xml.gz | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gey_validation.cif.gz | 12.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/1gey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/1gey | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer constructed from chain A a symmetry partner generated by the two-fold. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39393.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: HISC / プラスミド: PUC118 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P06986, histidinol-phosphate transaminase |
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#2: 化合物 | ChemComp-PPE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.99 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: PEG 4000, magnesium chloride, tris, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 55982 / Num. obs: 55982 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 30.225 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 10.17 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Num. unique all: 1628 / % possible all: 97.4 |
反射 | *PLUS Num. obs: 16231 / Num. measured all: 55982 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1GEW 解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.349 / Rfactor Rwork: 0.24 |