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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gej | ||||||
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タイトル | STRUCTURAL CHARACTERIZATION OF N-BUTYL-ISOCYANIDE COMPLEXES OF CYTOCHROMES P450NOR AND P450CAM | ||||||
要素 | CYTOCHROME P450 55A1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Cytocrome P450nor (Fe-III) / Isocyanide Complexes form | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide reductase [NAD(P)+, nitrous oxide-forming] / nitric oxide reductase (NAD(P)H) activity / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Fusarium oxysporum (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | lee, D.-S. / Park, S.-Y. / Yamane, K. / Shiro, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Structural characterization of n-butyl-isocyanide complexes of cytochromes P450nor and P450cam. 著者: Lee, D.S. / Park, S.Y. / Yamane, K. / Obayashi, E. / Hori, H. / Shiro, Y. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Crystal structure of nitric oxide reductase from denitrifing fungus Fusarium oxysporum 著者: Park, S.-Y. / Shimizu, H. / Adachi, S. / Nakagawa, A. / Tanaka, I. / Nakahara, K. / Shoun, H. / Obayashi, E. / Nakamura, H. / Iizuka, T. / Shiro, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gej.cif.gz | 98.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gej.ent.gz | 72.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gej.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gej_validation.pdf.gz | 478.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gej_full_validation.pdf.gz | 479.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1gej_validation.xml.gz | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gej_validation.cif.gz | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/1gej ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/1gej | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44420.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium oxysporum (菌類) / プラスミド: PRSET-C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 参照: UniProt: P23295, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-NBN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.01 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.2 / 詳細: Park, S-Y., (1997) FEBS. Lett., 412, 346. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.7 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月20日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: 0.7 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→25 Å / Num. all: 356663 / Num. obs: 57289 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 5725 / % possible all: 65.3 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 65.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ROM 解像度: 1.5→25 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.015
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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