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- PDB-1gdt: CRYSTAL STRUCTURE OF A SITE-SPECIFIC RECOMBINASE, GAMMA-DELTA RES... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gdt
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A SITE-SPECIFIC RECOMBINASE, GAMMA-DELTA RESOLVASE COMPLEXED WITH A 34 BP CLEAVAGE SITE
要素
  • (SITE I OF RES DNA) x 3
  • PROTEIN (GAMMA DELTA RESOLVASE)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / OVERHANGING BASE / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand exchange activity / DNA integration / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #10 / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Site-specific recombinases signature 2. / Resolvase, HTH domain / Helix-turn-helix domain of resolvase / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / : / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #10 / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Site-specific recombinases signature 2. / Resolvase, HTH domain / Helix-turn-helix domain of resolvase / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / : / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Homeodomain-like / Helix non-globular / Special / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transposon gamma-delta resolvase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yang, W. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the site-specific recombinase gamma delta resolvase complexed with a 34 bp cleavage site.
著者: Yang, W. / Steitz, T.A.
履歴
登録1995年4月11日処理サイト: NDB
改定 1.01996年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: SITE I OF RES DNA
D: SITE I OF RES DNA
E: SITE I OF RES DNA
F: SITE I OF RES DNA
A: PROTEIN (GAMMA DELTA RESOLVASE)
B: PROTEIN (GAMMA DELTA RESOLVASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9426
ポリマ－61,9426
非ポリマー00
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.000, 157.000, 37.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 SITE I OF RES DNA / CROSSOVER SITE OR CLEAVAGE SITE


分子量: 6774.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 SITE I OF RES DNA / CROSSOVER SITE OR CLEAVAGE SITE


分子量: 3966.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 SITE I OF RES DNA / CROSSOVER SITE OR CLEAVAGE SITE


分子量: 6445.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: タンパク質 PROTEIN (GAMMA DELTA RESOLVASE) / GD RESOLVASE


分子量: 20394.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: STRAINS THAT CONTAIN F EPISOME / 遺伝子: TNPR / プラスミド: MGH285 / 遺伝子 (発現宿主): TNPR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AR120 / 参照: UniProt: P03012
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RESOLVASE GENE IS PUT UNDER THE CONTROL OF THE LAMBDA PROMOTER AND INDUCED BY NALIDIXIC ACID.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 54 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.36 mMresolvase monomer1drop
20.72 mMDNA modular duplex1drop
30.2 Mammonium sulfate1drop
42.5 %ethylene glycol1drop
50.5 mMEDTA1drop
610 mMTris-HCl1drop
750 mMMES1drop
815 %PEG33501drop
90.2 Mammonium sulfate1reservoir
105 %ethylene glycol1reservoir
11100 mMMES1reservoir
1230 %PRG33501reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
検出器日付: 1994年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 13255 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.077
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 3→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.235 --
obs0.235 12130 89.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 26.69 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2848 1407 0 29 4284
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.25
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d33.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg33.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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