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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gd9 | ||||||
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タイトル | CRYSTALL STRUCTURE OF PYROCOCCUS PROTEIN-A1 | ||||||
![]() | ASPARTATE AMINOTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / aminotransferase / pyridoxal enzyme / temperature dependence of substrate recognition | ||||||
機能・相同性 | ![]() 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ura, H. / Harata, K. / Matsui, I. / Kuramitsu, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Temperature dependence of the enzyme-substrate recognition mechanism. 著者: Ura, H. / Harata, K. / Matsui, I. / Kuramitsu, S. #1: ![]() タイトル: The Molecular Structure of Hypoerthermostable Aromatic Aminotransferase with Novel Substrate Specificity from Pyrococcus horikoshii 著者: Matsui, I. / Matsui, E. / Sakai, Y. / KIkuchi, H. / Kawarabayashi, Y. / Ura, H. / Kawaguchi, S. / Kuramitsu, S. / Harata, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 170.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 134.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 460.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 474.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43960.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O59096, 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.38 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1,6-hexane diol, Tris, magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUAMTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 272833 / Num. obs: 83030 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 6.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.297 / Num. unique all: 11472 / % possible all: 96 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 272833 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.21 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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