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万見
- PDB-1gcf: NMR STRUCTURE OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF THE LIGAND-BINDING REGI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gcf
タイトルNMR STRUCTURE OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF THE LIGAND-BINDING REGION OF MURINE GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR RECEPTOR, 12 STRUCTURES
要素GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR RECEPTOR
キーワードBINDING PROTEIN / CYTOKINE RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


granulocyte colony-stimulating factor binding / regulation of myeloid cell differentiation / amelogenesis / cytokine receptor activity / immunoglobulin mediated immune response / neutrophil chemotaxis / cytokine-mediated signaling pathway / endocytic vesicle membrane / cell adhesion / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like domain superfamily ...Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Granulocyte colony-stimulating factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / RANDOM.INP, DGSA.INP, REFINE.INP
データ登録者Yamasaki, K. / Naito, S. / Anaguchi, H. / Ohkubo, T. / Ota, Y.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Solution structure of an extracellular domain containing the WSxWS motif of the granulocyte colony-stimulating factor receptor and its interaction with ligand.
著者: Yamasaki, K. / Naito, S. / Anaguchi, H. / Ohkubo, T. / Ota, Y.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995
タイトル: Ligand Binding Characteristics of the Carboxyl-Terminal Domain of the Cytokine Receptor Homologous Region of the Granulocyte Colony-Stimulating Factor Receptor
著者: Anaguchi, H. / Hiraoka, O. / Yamasaki, K. / Naito, S. / Ota, Y.
履歴
登録1997年4月10日処理サイト: BNL
改定 1.01997年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.authors ..._pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_software.version / _pdbx_nmr_spectrometer.field_strength
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5361
ポリマ－12,5361
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7750 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)12 / 100TOTAL OF NOE, DIHEDRAL, AND VAN DER WAALS ENERGIES
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR RECEPTOR


分子量: 12536.452 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN OF THE LIGAND-BINDING REGION / 変異: INS(G1,S2,S3) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
解説: EXPRESSED AS A FUSION PROTEIN WITH MALTOSE BINDING PROTEIN
プラスミド: PMAL-P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40223
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TRIPLE RESONANCE 2D
1213D NMR

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試料調製

試料状態pH: 5.5 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR3.1BRUNGER構造決定
精密化手法: RANDOM.INP, DGSA.INP, REFINE.INP / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: TOTAL OF NOE, DIHEDRAL, AND VAN DER WAALS ENERGIES
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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