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万見
- PDB-1gcc: SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE COMPLEX OF GCC-BOX BINDING DOMAIN O... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gcc
タイトルSOLUTION NMR STRUCTURE OF THE COMPLEX OF GCC-BOX BINDING DOMAIN OF ATERF1 AND GCC-BOX DNA, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
  • ETHYLENE RESPONSIVE ELEMENT BINDING FACTOR 1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION FACTOR / PROTEIN-DNA COMPLEX / ETHYLENE INDUCIBLE / COMPLEX (TRANSCRIPTION FACTOR-DNA) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


phloem or xylem histogenesis / ethylene-activated signaling pathway / response to nematode / defense response / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / nucleus
類似検索 - 分子機能
AP2/ERF domain / Ethylene-responsive transcription factor / GCC-box Binding Domain / AP2/ERF domain superfamily / AP2/ERF domain profile. / DNA-binding domain in plant proteins such as APETALA2 and EREBPs / AP2 domain / AP2/ERF domain / DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Ethylene-responsive transcription factor 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING PROTOCOL IN X-PLOR 3.1 WAS CARRIED OUT TO OBTAIN 25 STRUCTURES. MINIMIZED MEAN STRUCTURE OF THEM WAS FURTHER REVISED BY A 300 PS RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICAL CALCULATION IN THE PRESENCE OF APPROXIMATELY 5000 TIP3P WATER MOLSCULES, USING CORNELL FORCE FIELD IN AMBER 4.1. THE MEAN CO-ORDINATE OF 200 STRUCTURES OBTAINED AFTER THE EQUILIBRIUM (100 PS) WAS ENERGY-MINIMIZED.
データ登録者Yamasaki, K. / Allen, M.D. / Ohme-Takagi, M. / Tateno, M. / Suzuki, M.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: A novel mode of DNA recognition by a beta-sheet revealed by the solution structure of the GCC-box binding domain in complex with DNA.
著者: Allen, M.D. / Yamasaki, K. / Ohme-Takagi, M. / Tateno, M. / Suzuki, M.
履歴
登録1998年3月13日処理サイト: BNL
改定 1.01999年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*TP*A)-3')
A: ETHYLENE RESPONSIVE ELEMENT BINDING FACTOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9573
ポリマ－13,9573
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量: 3319.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*TP*A)-3')


分子量: 3390.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 ETHYLENE RESPONSIVE ELEMENT BINDING FACTOR 1


分子量: 7247.318 Da / 分子数: 1 / Fragment: GCC-BOX BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
解説: DNA-BINDING DOMAIN OF ATERF1; / 細胞株: BL21 / 遺伝子: ATERF1 / プラスミド: PAF104 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O80337
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131DQF-COSY
1411H-15N HSQC
1513D 1H-15N NOESY-HMQC
1613D 1H-15N TOCSY-HMQC
17113C
18115N-FILTERED NOESY
NMR実験の詳細Text: SIGNALS DUE TO PROTEINS WERE OBTAINED BY NOESY, TOCSY, DQF-COSY FOR UNLABELED SAMPLE AND 1H-15N HSQC, 3D 1H-15N NOESY-HMQC AND 3D 1H-15N TOCSY-HMQC FOR THE SAMPLE WITH 15N-LABELED PROTEIN. ...Text: SIGNALS DUE TO PROTEINS WERE OBTAINED BY NOESY, TOCSY, DQF-COSY FOR UNLABELED SAMPLE AND 1H-15N HSQC, 3D 1H-15N NOESY-HMQC AND 3D 1H-15N TOCSY-HMQC FOR THE SAMPLE WITH 15N-LABELED PROTEIN. SIGNALS DUE TO DNA WERE OBTAINED BY NOESY, TOCSY, AND DQF-COSY FOR UNLABELED SAMPLE AND 13C,15N-FILTERED NOESY FOR SAMPLE WITH 13C, 15N-LABELED PROTEIN. INTERMOLECULAR NOES WERE IDENTIFIED USING NOESY SPECTRA INCLUDING THOSE WITH AND WITHOUT 13C- OR 15N-DECOUPLING FOR SAMPLE WITH 13C,15N-LABELED PROTEIN.

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試料調製

詳細内容: POTASIUM PHOSPHATE
試料状態イオン強度: 90 mM / pH: 6 / 圧: 1 ATMOSPHERE / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMX750BrukerDMX7507501
Bruker DMX500BrukerDMX5005002

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR3.1構造決定
Amber4.1構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING PROTOCOL IN X-PLOR 3.1 WAS CARRIED OUT TO OBTAIN 25 STRUCTURES. MINIMIZED MEAN STRUCTURE OF THEM WAS FURTHER REVISED BY A 300 PS RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICAL CALCULATION ...手法: SIMULATED ANNEALING PROTOCOL IN X-PLOR 3.1 WAS CARRIED OUT TO OBTAIN 25 STRUCTURES. MINIMIZED MEAN STRUCTURE OF THEM WAS FURTHER REVISED BY A 300 PS RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICAL CALCULATION IN THE PRESENCE OF APPROXIMATELY 5000 TIP3P WATER MOLSCULES, USING CORNELL FORCE FIELD IN AMBER 4.1. THE MEAN CO-ORDINATE OF 200 STRUCTURES OBTAINED AFTER THE EQUILIBRIUM (100 PS) WAS ENERGY-MINIMIZED.
ソフトェア番号: 1
詳細: SEE REMARK 210 OTHER PROGRAMS USED: AMBER 4.1 AUTHORS: PEARLMAN,CASE,CALDWELL,ROSS,CHEATHAM III, FERGUSON,SEIBEL,SINGH,WEINER,KOLLMAN
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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