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- PDB-1gbg: BACILLUS LICHENIFORMIS BETA-GLUCANASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gbg
タイトルBACILLUS LICHENIFORMIS BETA-GLUCANASE
要素(1,3-1,4)-BETA-D-GLUCAN 4 GLUCANOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE (GLUCANASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


licheninase activity / licheninase / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Beta-glucanase/XTH / Beta-glucanase / Glycoside hydrolase, family 16, active site / Glycosyl hydrolases family 16 active sites. / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Beta-glucanase/XTH / Beta-glucanase / Glycoside hydrolase, family 16, active site / Glycosyl hydrolases family 16 active sites. / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hahn, M. / Heinemann, U.
引用
ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of Bacillus licheniformis 1,3-1,4-beta-D-glucan 4-glucanohydrolase at 1.8 A resolution.
著者: Hahn, M. / Pons, J. / Planas, A. / Querol, E. / Heinemann, U.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Molecular and Active-Site Structure of a Bacillus 1,3-1,4-Beta-Glucanase
著者: Keitel, T. / Simon, O. / Borriss, R. / Heinemann, U.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1991
タイトル: Molecular Cloning, Expression and Nucleotide Sequence of the Endo-Beta-1,3-1,4-D-Glucanase Gene from Bacillus Licheniformis
著者: Lloberas, J. / Perez-Pons, J.A. / Querol, E.
履歴
登録1995年8月25日処理サイト: BNL
改定 1.01995年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (1,3-1,4)-BETA-D-GLUCAN 4 GLUCANOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4152
ポリマ－24,3751
非ポリマー401
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.330, 39.130, 43.880
Angle α, β, γ (deg.)64.66, 105.86, 110.68
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 201

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要素

#1: タンパク質 (1,3-1,4)-BETA-D-GLUCAN 4 GLUCANOHYDROLASE / BETA-GLUCANASE / LICHENASE


分子量: 24374.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
プラスミド: PBR328 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27051, licheninase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細BOND LENGTHS OF SIDE CHAINS OF GLU AND ASP FOLLOW THE TNT STANDARD FOR PROTONATED CARBOXY GROUPS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.91 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 54 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
144 mg/mlprotein 1drop
22 mM1dropCaCl2
320 %PEG80001reservoir
42 mM1reservoirCaCl2
550 mMpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.082
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 17238 / % possible obs: 94.6 % / Rmerge(I) obs: 0.082

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLM/MADNESデータ収集
TNT精密化
MOSFLMデータ削減
MADNESデータ削減
精密化解像度: 1.8→6 Å / σ(F): 2
詳細: ASN 28 IS IN CONTACT WITH A NEIGHBORING MOLECULE. THEREFORE ITS DIHEDRAL ANGLES LIE OUTSIDE THE EXPECTED RANGE.
Rfactor反射数
Rfree0.236 -
obs0.165 16792
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1724 0 1 158 1883
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d26.09
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.006
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.005
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd16
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.165 / Rfactor Rfree: 0.236
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg26.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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