PDB-1gb4: HYPERTHERMOPHILIC VARIANT OF THE B1 DOMAIN FROM STREPTOCOCCAL PRO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1gb4

タイトル

HYPERTHERMOPHILIC VARIANT OF THE B1 DOMAIN FROM STREPTOCOCCAL PROTEIN G, NMR, 47 STRUCTURES

要素

GB1-C3B4

キーワード

HYPERTHERMOPHILE / STREPTOCOCCAL PROTEIN G

機能・相同性

機能・相同性情報

IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus sp. (バクテリア)

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Malakauskas, S.M. / Mayo, S.L.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Design, structure and stability of a hyperthermophilic protein variant.
著者: Malakauskas, S.M. / Mayo, S.L.

履歴

登録	1998年1月19日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2021年11月3日	Group: Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1gb4.cif.gz	792.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1gb4.ent.gz	668.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1gb4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1gb4_validation.pdf.gz	351.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1gb4_full_validation.pdf.gz	621 KB	表示
XML形式データ	1gb4_validation.xml.gz	52.7 KB	表示
CIF形式データ	1gb4_validation.cif.gz	84 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/1gb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/1gb4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6l9b-d 1gps-d 4wh4-2 6nlb-2 4kgr-3 6nla-d 4kgr-7 2kq4-d 6l9d-d 6nl6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GB1-C3B4

6.37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	47 / 75	NO RESTRAINT VIOLATIONS GREATER THAN 0.3 ANGSTROMS
代表モデル

#1: タンパク質	GB1-C3B4 分子量: 6367.060 Da / 分子数: 1 / 断片: B1 DOMAIN / 変異: V1M, Y4F, V7I, T17I, T19I, T26E, V30I, V40I / 由来タイプ: 組換発現詳細: HYPERTHERMOPHILIC VARIANT OF THE B1 DOMAIN FROM STREPTOCOCCAL PROTEIN G 由来: (組換発現) Streptococcus sp. (バクテリア) / 株: G148 / 細胞株: BL21 / 遺伝子: GB1C3B4 / プラスミド: PET-GB1C3B4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): GB1C3B4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P19909

#1: タンパク質

GB1-C3B4

分子量: 6367.060 Da / 分子数: 1 / 断片: B1 DOMAIN / 変異: V1M, Y4F, V7I, T17I, T19I, T26E, V30I, V40I / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HYPERTHERMOPHILIC VARIANT OF THE B1 DOMAIN FROM STREPTOCOCCAL PROTEIN G
由来: (組換発現)

Streptococcus sp. (バクテリア) / 株: G148 / 細胞株: BL21 / 遺伝子: GB1C3B4 / プラスミド: PET-GB1C3B4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): GB1C3B4 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P19909

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: DQF-COSY NOESY TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: H2O/D2O
試料状態	イオン強度: 50mM / pH: 5 / 圧: ATMOSPHERIC atm / 温度: 308 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.1	モデル構築
X-PLOR	3.1	精密化
X-PLOR	3.1	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
ANSIG			構造決定
VARIAN VNMR	VNMR		構造決定

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: NO RESTRAINT VIOLATIONS GREATER THAN 0.3 ANGSTROMS
計算したコンフォーマーの数: 75 / 登録したコンフォーマーの数: 47

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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