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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ga9 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF AMPC BETA-LACTAMASE FROM E. COLI COMPLEXED WITH NON-BETA-LACTAMASE INHIBITOR (2, 3-(4-BENZENESULFONYL-THIOPHENE-2-SULFONYLAMINO)-PHENYLBORONIC ACID) | ||||||
![]() | BETA-LACTAMASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / cephalosporinase / beta-lactamase / serine hydrolase | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tondi, D. / Powers, R.A. / Caselli, E. / Negri, M.C. / Blazquez, J. / Costi, M.P. / Shoichet, B.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-based design and in-parallel synthesis of inhibitors of AmpC beta-lactamase. 著者: Tondi, D. / Powers, R.A. / Caselli, E. / Negri, M.C. / Blazquez, J. / Costi, M.P. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 155.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 122.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1c3bS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA-LACTAMASE (RESIDUES 20-377) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-K / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.7 M potassium phosphate, 95 uM AmpC, 600 uM compound 2 (ET011), pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 23 ℃ / 詳細: used microseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 42312 / Num. obs: 156406 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 27.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 25.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.179 / Num. unique all: 4984 / % possible all: 96 |
反射 | *PLUS Num. obs: 42312 / Num. measured all: 156406 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1C3B 解像度: 2.1→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.206 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.272 / Rfactor Rwork: 0.455 |