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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ga8 | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF GALACOSYLTRANSFERASE LGTC IN COMPLEX WITH DONOR AND ACCEPTOR SUGAR ANALOGS. | |||||||||
要素 | GALACTOSYL TRANSFERASE LGTC | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / ALPHA-BETA PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Persson, K. / Ly, H.D. / Diekelmann, M. / Wakarchuk, W.W. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of the retaining galactosyltransferase LgtC from Neisseria meningitidis in complex with donor and acceptor sugar analogs. 著者: Persson, K. / Ly, H.D. / Dieckelmann, M. / Wakarchuk, W.W. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ga8.cif.gz | 77.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ga8.ent.gz | 55.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ga8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ga8_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ga8_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1ga8_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ga8_validation.cif.gz | 22 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/1ga8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/1ga8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36111.008 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 遺伝子: LGTC / プラスミド: PCW / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P96945, UniProt: Q93EK7*PLUS, EC: 2.4.1.44 |
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#2: 多糖 | 4-deoxy-beta-D-xylo-hexopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / 4-deoxy-beta-lactose |
#3: 化合物 | ChemComp-MN / |
#4: 化合物 | ChemComp-UPF / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.08 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG monomethylether 2000, NaOAc, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 詳細: used seeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月10日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 18508 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 10 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / % possible all: 89.6 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 10 Å2 |
反射 シェル | *PLUS Mean I/σ(I) obs: 8.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1G9R 解像度: 2→24.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.83 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→24.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 18225 / Rfactor obs: 0.193 / Rfactor Rfree: 0.2276 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.223 / Rfactor Rwork: 0.189 |