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- PDB-1g9y: HOMING ENDONUCLEASE I-CREI / DNA SUBSTRATE COMPLEX WITH CALCIUM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g9y
タイトルHOMING ENDONUCLEASE I-CREI / DNA SUBSTRATE COMPLEX WITH CALCIUM
要素
  • 5'-D(*CP*GP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*CP*G)-3'
  • DNA ENDONUCLEASE I-CREI
キーワードHYDROLASE/DNA / LAGLIDADG / homing endonuclease / nuclease mechanism / Group I intron / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


intron homing / chloroplast / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA endonuclease I-CreI
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Chevalier, B. / Monnat, R.J. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: The homing endonuclease I-CreI uses three metals, one of which is shared between the two active sites.
著者: Chevalier, B.S. / Monnat Jr., R.J. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2000年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*CP*GP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*CP*G)-3'
A: DNA ENDONUCLEASE I-CREI
B: DNA ENDONUCLEASE I-CREI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8927
ポリマ－49,7724
非ポリマー1203
水7,837435
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.2, 67.8, 88.3
Angle α, β, γ (deg.)90, 91.6, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*C)-3'


分子量: 7320.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*CP*G)-3'


分子量: 7418.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 DNA ENDONUCLEASE I-CREI / I-CREI HOMING ENDONUCLEASE


分子量: 17516.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: CR.LSU INTRON OF CHOROPLAST 23S RRNA GENE / プラスミド: PI-CREI / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P05725, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.08 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG 400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成名称: PEG 400
結晶化
*PLUS
PH range low: 6.6 / PH range high: 6.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mM1dropCaCl2
23.5 mg/mlprotein1drop
320 mM1reservoirNaCl
4100 mMMES1reservoir
520-35 %(v/v)PEG4001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 30037 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 33.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 5.5 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Rsym value: 36 / % possible all: 81.7
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
EPMR位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CRE/DNA (PDB ENTRY 1BP7)

1bp7


解像度: 2.05→26.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 922399.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: The structure contains an average of the two possible orientations of the DNA substrate (see paper). This PDB entry contains only one DNA orientation for clarity.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1544 5.1 %RANDOM
Rwork0.207 ---
all0.207 ---
obs-30037 93.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.7483 Å2 / ksol: 0.297407 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.67 Å20 Å2-4.04 Å2
2---7.2 Å20 Å2
3---1.53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.26 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→26.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2474 978 3 435 3890
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d20.9
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d1.14
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it2.041.5
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it2.942
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it2.672
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it3.492.5
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.054 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 62 5.4 %
Rwork0.344 1077 -
obs--73.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER.TOP
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_deg20.9
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_deg1.14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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