PDB-1g9p: SOLUTION STRUCTURE OF THE INSECTICIDAL CALCIUM CHANNEL BLOCKER OM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1g9p

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF THE INSECTICIDAL CALCIUM CHANNEL BLOCKER OMEGA-ATRACOTOXIN-HV2A

要素

OMEGA-ATRACOTOXIN-HV2A

キーワード

TOXIN / cystine knot

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel inhibitor activity / calcium channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Hadronyche versuta (クモ)

手法

溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Wang, X.-H. / King, G.F.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Discovery and structure of a potent and highly specific blocker of insect calcium channels.
著者: Wang, X.H. / Connor, M. / Wilson, D. / Wilson, H.I. / Nicholson, G.M. / Smith, R. / Shaw, D. / Mackay, J.P. / Alewood, P.F. / Christie, M.J. / King, G.F.

履歴

登録	2000年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1g9p.cif.gz	244.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1g9p.ent.gz	202.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1g9p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/1g9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/1g9p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1hp3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ljv-d 2k2x-d 3hqb-1 5et3-d 5hkr-d 2k2d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OMEGA-ATRACOTOXIN-HV2A

4.49 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	OMEGA-ATRACOTOXIN-HV2A 分子量: 4488.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hadronyche versuta (クモ) / 参照: UniProt: P82852
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	H2O 2D NOESY
1	2	1	D2O 2D NOESY
2	3	1	2D TOCSY
2	4	1	E-COSY
1	5	2	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear NMR techniques.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1.2 mM omega-atracotoxin-Hv2a	95% H2O, 5% D2O, 5 micromolar chloramphenicol, 100 micromolar TSP
2	1.2 mM omega-atracotoxin-Hv2a	100% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	0.005	4.71	1 atm	296 K
2	0.005	4.71	1 atm	288 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2	Bruker Analytik GmbH	collection
XwinNMR	2	Bruker Analytik GmbH	解析
Felix	97	Molecular Simulations Inc.	解析
XEASY	1.3.13	Tai-he Xia & Christian Bartels	データ解析
DYANA	1.5	Peter Guentert	構造決定
X-PLOR	3.1	Axel Brunger	精密化
VNMR	6.1B	Varian Inc.	collection

精密化

手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 430 NOE-derived distance restraints, 34 dihedral-angle restraints, plus 24 restraints defining 12 hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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