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- PDB-1g9o: FIRST PDZ DOMAIN OF THE HUMAN NA+/H+ EXCHANGER REGULATORY FACTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g9o
タイトルFIRST PDZ DOMAIN OF THE HUMAN NA+/H+ EXCHANGER REGULATORY FACTOR
要素NHE-RF
キーワードSIGNALING PROTEIN / PDZ domain / NHERF / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


renal phosphate ion absorption / regulation of renal phosphate excretion / renal sodium ion transport / type 2 metabotropic glutamate receptor binding / glutathione transport / dopamine receptor binding / cerebrospinal fluid circulation / import across plasma membrane / negative regulation of sodium ion transport / microvillus assembly ...renal phosphate ion absorption / regulation of renal phosphate excretion / renal sodium ion transport / type 2 metabotropic glutamate receptor binding / glutathione transport / dopamine receptor binding / cerebrospinal fluid circulation / import across plasma membrane / negative regulation of sodium ion transport / microvillus assembly / gamma-aminobutyric acid import / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / bile acid secretion / regulation of protein kinase activity / stereocilium tip / plasma membrane organization / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / channel activator activity / cilium organization / gland morphogenesis / growth factor receptor binding / intracellular phosphate ion homeostasis / establishment of Golgi localization / fibroblast migration / plasma membrane protein complex / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / negative regulation of fibroblast migration / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / chloride channel regulator activity / auditory receptor cell stereocilium organization / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / beta-2 adrenergic receptor binding / nuclear migration / regulation of cell size / microvillus membrane / renal absorption / microvillus / negative regulation of mitotic cell cycle / phosphatase binding / transport across blood-brain barrier / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / protein-membrane adaptor activity / sperm midpiece / ruffle / endomembrane system / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell periphery / morphogenesis of an epithelium / protein localization to plasma membrane / PDZ domain binding / filopodium / brush border membrane / sensory perception of sound / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / beta-catenin binding / Wnt signaling pathway / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / actin cytoskeleton / regulation of cell shape / actin cytoskeleton organization / protein-containing complex assembly / vesicle / apical plasma membrane / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EBP50, C-terminal / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHERF-1/2 / EBP50, C-terminal / : / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain ...EBP50, C-terminal / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHERF-1/2 / EBP50, C-terminal / : / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Karthikeyan, S. / Leung, T. / Birrane, G. / Webster, G. / Ladias, J.A.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the PDZ1 domain of human Na(+)/H(+) exchanger regulatory factor provides insights into the mechanism of carboxyl-terminal leucine recognition by class I PDZ domains.
著者: Karthikeyan, S. / Leung, T. / Birrane, G. / Webster, G. / Ladias, J.A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: NHE-RF, a regulatory cofactor for Na(+)-H+ exchange, is a common interactor for merlin and ERM (MERM) proteins;
著者: MURTHY, A. / GONZALEZ-AGOSTI, C. / CORDERO, E. / PINNEY, D. / CANDIA, C. / SOLOMON, F. / GUSELLA, J. / RAMESH, V.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the hCASK PDZ domain reveals the structural basis of class II PDZ domain target recognition
著者: Daniels, D.L. / Cohen, A.R. / Anderson, J.M. / Brunger, A.T.
#3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: Crystal structures of a complexed and peptide-free membrane protein-binding domain:Molecular basis of peptide recognition by PDZ
著者: Doyle, D.A. / Lee, A. / Lewis, J. / Kim, E. / Sheng, M. / MacKinnon, R.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of a PDZ domain
著者: Morais Cabral, J.H. / Petosa, C. / Sutcliffe, M.J. / Raza, S. / Byron, O. / Poy, F. / Marfatia, S.M. / Chishti, A.H. / Liddington, R.C.
履歴
登録2000年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NHE-RF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0441
ポリマ－10,0441
非ポリマー00
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.568, 51.568, 58.947
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 NHE-RF


分子量: 10043.504 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ1 DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NHERF / プラスミド: PGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14745
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: potassium sodium tartrate, sodium citrate, ammonium sulfate, manganese chloride, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
20.05 Mpotassium sodium tartrate1reservoir
30.06 Msodium citrate1reservoir
42 Mammonium sulfate1reservoir
520 mM1reservoirMnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.98401 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月20日 / 詳細: DUAL SLITS
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98401 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→36 Å / Num. all: 14916 / Num. obs: 14916 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 16.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 3.9 / Net I/σ(I): 35
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Mean I/σ(I) obs: 10.3 / Num. unique all: 1449 / Rsym value: 15.2 / % possible all: 98.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 246628
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→24.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 1500 10 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.186 14816 --
obs0.186 14816 98.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.19 Å2 / ksol: 0.4078 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20.21 Å20 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3----0.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.17 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.08 Å0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数707 0 0 144 851
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.821.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.372
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.812.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 236 9.9 %
Rwork0.189 2154 -
obs-2154 98 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 16.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.232 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor Rwork: 0.189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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