+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g9o | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | FIRST PDZ DOMAIN OF THE HUMAN NA+/H+ EXCHANGER REGULATORY FACTOR | ||||||
要素 | NHE-RF | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / PDZ domain / NHERF / COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 import across plasma membrane / regulation of renal phosphate excretion / renal sodium ion transport / type 2 metabotropic glutamate receptor binding / glutathione transport / dopamine receptor binding / renal phosphate ion absorption / gamma-aminobutyric acid transmembrane transporter activity / gamma-aminobutyric acid import / cerebrospinal fluid circulation ...import across plasma membrane / regulation of renal phosphate excretion / renal sodium ion transport / type 2 metabotropic glutamate receptor binding / glutathione transport / dopamine receptor binding / renal phosphate ion absorption / gamma-aminobutyric acid transmembrane transporter activity / gamma-aminobutyric acid import / cerebrospinal fluid circulation / negative regulation of sodium ion transport / microvillus assembly / gland morphogenesis / bile acid secretion / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / regulation of protein kinase activity / channel activator activity / stereocilium tip / cilium organization / plasma membrane organization / intracellular phosphate ion homeostasis / myosin II binding / growth factor receptor binding / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / establishment of Golgi localization / fibroblast migration / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / plasma membrane protein complex / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / negative regulation of fibroblast migration / chloride channel regulator activity / auditory receptor cell stereocilium organization / nuclear migration / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / beta-2 adrenergic receptor binding / microvillus membrane / regulation of cell size / renal absorption / microvillus / transport across blood-brain barrier / negative regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endomembrane system / phosphatase binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / protein-membrane adaptor activity / sperm midpiece / ruffle / filopodium / cell periphery / protein localization to plasma membrane / morphogenesis of an epithelium / PDZ domain binding / sensory perception of sound / brush border membrane / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Wnt signaling pathway / beta-catenin binding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / actin cytoskeleton / regulation of cell shape / actin cytoskeleton organization / protein-containing complex assembly / vesicle / transmembrane transporter binding / apical plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Karthikeyan, S. / Leung, T. / Birrane, G. / Webster, G. / Ladias, J.A.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of the PDZ1 domain of human Na(+)/H(+) exchanger regulatory factor provides insights into the mechanism of carboxyl-terminal leucine recognition by class I PDZ domains. 著者: Karthikeyan, S. / Leung, T. / Birrane, G. / Webster, G. / Ladias, J.A. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998 タイトル: NHE-RF, a regulatory cofactor for Na(+)-H+ exchange, is a common interactor for merlin and ERM (MERM) proteins; 著者: MURTHY, A. / GONZALEZ-AGOSTI, C. / CORDERO, E. / PINNEY, D. / CANDIA, C. / SOLOMON, F. / GUSELLA, J. / RAMESH, V. #2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of the hCASK PDZ domain reveals the structural basis of class II PDZ domain target recognition 著者: Daniels, D.L. / Cohen, A.R. / Anderson, J.M. / Brunger, A.T. #3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996 タイトル: Crystal structures of a complexed and peptide-free membrane protein-binding domain:Molecular basis of peptide recognition by PDZ 著者: Doyle, D.A. / Lee, A. / Lewis, J. / Kim, E. / Sheng, M. / MacKinnon, R. #4: ジャーナル: Nature / 年: 1996 タイトル: Crystal structure of a PDZ domain 著者: Morais Cabral, J.H. / Petosa, C. / Sutcliffe, M.J. / Raza, S. / Byron, O. / Poy, F. / Marfatia, S.M. / Chishti, A.H. / Liddington, R.C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g9o.cif.gz | 32.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1g9o.ent.gz | 21.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g9o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1g9o_validation.pdf.gz | 410.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1g9o_full_validation.pdf.gz | 411.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1g9o_validation.xml.gz | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1g9o_validation.cif.gz | 9.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/1g9o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/1g9o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10043.504 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ1 DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NHERF / プラスミド: PGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14745 |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: potassium sodium tartrate, sodium citrate, ammonium sulfate, manganese chloride, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.98401 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月20日 / 詳細: DUAL SLITS |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98401 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→36 Å / Num. all: 14916 / Num. obs: 14916 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 16.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 3.9 / Net I/σ(I): 35 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Mean I/σ(I) obs: 10.3 / Num. unique all: 1449 / Rsym value: 15.2 / % possible all: 98.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 246628 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.9 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→24.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.19 Å2 / ksol: 0.4078 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.7 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.6 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.181 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 16.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.232 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor Rwork: 0.189 |