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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g8q | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CD81 EXTRACELLULAR DOMAIN, A RECEPTOR FOR HEPATITIS C VIRUS | ||||||
要素 | CD81 ANTIGEN, EXTRACELLULAR DOMAIN | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Alpha Helical | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / osteoclast fusion / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of macrophage migration / macrophage fusion ...positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / osteoclast fusion / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of macrophage migration / macrophage fusion / immunological synapse formation / transferrin receptor binding / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / protein localization to lysosome / tetraspanin-enriched microdomain / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / MHC class II protein binding / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / cholesterol binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / immunological synapse / basal plasma membrane / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of receptor clustering / Regulation of Complement cascade / protein localization to plasma membrane / regulation of protein stability / receptor internalization / integrin binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / virus receptor activity / MHC class II protein complex binding / basolateral plasma membrane / vesicle / positive regulation of MAPK cascade / focal adhesion / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Kitadokoro, K. / Bolognesi, M. / Bordo, D. / Grandi, G. / Galli, G. / Petracca, R. / Falugi, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001 タイトル: CD81 extracellular domain 3D structure: insight into the tetraspanin superfamily structural motifs. 著者: Kitadokoro, K. / Bordo, D. / Galli, G. / Petracca, R. / Falugi, F. / Abrignani, S. / Grandi, G. / Bolognesi, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g8q.cif.gz | 47.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g8q.ent.gz | 36.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g8q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1g8q_validation.pdf.gz | 429.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1g8q_full_validation.pdf.gz | 439.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1g8q_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1g8q_validation.cif.gz | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/1g8q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/1g8q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9917.077 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PEZZ18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60033 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.28 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 4000, MES, NaCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / タイプ: ESRF / 波長: 0.93 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月19日 |
放射 | モノクロメーター: Sagitally focusing Ge(220) and a multilayer プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 36910 / Num. obs: 21557 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 5.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Num. unique all: 2249 / Rsym value: 0.314 / % possible all: 98 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.6→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
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拘束条件 | タイプ: refmac / Dev ideal: 0.022 | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.673 Å / Rfactor Rfree error: 0.082
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.8 % / Rfactor obs: 0.187 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 35.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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