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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g8n | ||||||||||||||||||
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タイトル | MOLECULAR AND CRYSTAL STRUCTURE OF D(CGCGAATF5UCGCG):5-FORMYLURIDINE/ ADENOSINE BASE-PAIRS IN B-DNA | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / MODIFIED NUCLEOTIDE / FORMYLURIDINE / DNA DAMAGE / B-DNA / DOUBLE HELIX / DEOXYRIBONUCLEIC ACID | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | データ登録者 | Tsunoda, M. / Karino, N. / Ueno, Y. / Matsuda, A. / Takenaka, A. | 引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 | タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of a DNA dodecamer containing 2'-deoxy-5-formyluridine; what is the role of magnesium cation in crystallization of Dickerson-type DNA dodecamers? 著者: Tsunoda, M. / Karino, N. / Ueno, Y. / Matsuda, A. / Takenaka, A. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g8n.cif.gz | 28.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g8n.ent.gz | 18.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g8n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1g8n_validation.pdf.gz | 320.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1g8n_full_validation.pdf.gz | 320.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1g8n_validation.xml.gz | 1.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1g8n_validation.cif.gz | 2.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/1g8n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/1g8n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1g75C 1g8uC 1g8vC 355dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3677.376 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.21 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: MPD, spermine, magnesium chloride, sodium chloride, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 2000年6月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 88610 / Num. obs: 10301 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.048 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.228 / % possible all: 97.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 88610 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 355D 解像度: 1.55→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.207 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.363 / Rfactor Rwork: 0.36 |