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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g8i | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN FREQUENIN (NEURONAL CALCIUM SENSOR 1) | ||||||
要素 | NEURONAL CALCIUM SENSOR 1 | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / calcium binding-protein / EF-hand / calcium ion | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / regulation of neuron projection development / voltage-gated calcium channel activity / postsynaptic density / axon / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus ...calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / regulation of neuron projection development / voltage-gated calcium channel activity / postsynaptic density / axon / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Bourne, Y. / Dannenberg, J. / Pollmann, V. / Marchot, P. / Pongs, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Immunocytochemical localization and crystal structure of human frequenin (neuronal calcium sensor 1). 著者: Bourne, Y. / Dannenberg, J. / Pollmann, V. / Marchot, P. / Pongs, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g8i.cif.gz | 99.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g8i.ent.gz | 74.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g8i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1g8i_validation.pdf.gz | 674.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1g8i_full_validation.pdf.gz | 684.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1g8i_validation.xml.gz | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1g8i_validation.cif.gz | 29.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/1g8i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/1g8i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1bjfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 21902.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P62166 |
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-非ポリマー , 6種, 297分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-P6G / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.44 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG 8K, 0.1 M NaCacodylate, 0.2 M NaAc, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.93 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 35881 / Num. obs: 34949 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rsym value: 6 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2619 / Rsym value: 34 / % possible all: 98.9 |
反射 | *PLUS % possible obs: 99 % / Num. measured all: 281683 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.9 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BJF 解像度: 1.9→38.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 847282.85 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.38 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.75 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3 % / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 28.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.305 / % reflection Rfree: 3.4 % / Rfactor Rwork: 0.275 |