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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g7v | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURES OF KDO8P SYNTHASE IN ITS BINARY COMPLEXES WITH THE MECHANISM-BASED INHIBITOR | ||||||
要素 | 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE | ||||||
キーワード | LYASE / beta-alpha-barrels / lipopolysaccharide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Asojo, O.A. / Friedman, J.M. / Belakhov, V. / Shoham, Y. / Adir, N. / Baasov, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Crystal structures of KDOP synthase in its binary complexes with the substrate phosphoenolpyruvate and with a mechanism-based inhibitor. 著者: Asojo, O. / Friedman, J. / Adir, N. / Belakhov, V. / Shoham, Y. / Baasov, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g7v.cif.gz | 63.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g7v.ent.gz | 47.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g7v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1g7v_validation.pdf.gz | 444.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1g7v_full_validation.pdf.gz | 475.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1g7v_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1g7v_validation.cif.gz | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/1g7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/1g7v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30870.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A715, EC: 4.1.2.16 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PAI / {[( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.94 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: MES or MOPS 61mM pH 6.1, 25% v/v Glycerol, 20mg/mL protein in tris buffer, 30 microgram/mL inhibitor, 10% v/v PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 23 ℃ / pH: 7.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.98104, 0.98066, 0.97719 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.27→30 Å / Num. all: 30388 / Num. obs: 26690 / % possible obs: 71 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 46.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 14 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / % possible all: 47.4 | ||||||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.23 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 70.6 % | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.23 Å / 最低解像度: 2.3 Å / % possible obs: 14.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 3 / σ(I): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 3 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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