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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g7p | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MHC CLASS I H-2KB HEAVY CHAIN COMPLEXED WITH BETA-2 MICROGLOBULIN AND YEAST ALPHA-GLUCOSIDASE | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / MHC class I / H-2Kb / YEAST / S. cerevisiae / alpha-glucosidase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alpha-glucosidase / : / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development ...alpha-glucosidase / : / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation / peptide binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to bacterium / immune response / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Apostolopoulos, V. / Yu, M. / Corper, A.L. / Li, W. / McKenzie, I.F. / Teyton, L. / Wilson, I.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: Crystal structure of a non-canonical high affinity peptide complexed with MHC class I: a novel use of alternative anchors. 著者: Apostolopoulos, V. / Yu, M. / Corper, A.L. / Li, W. / McKenzie, I.F. / Teyton, L. / Wilson, I.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g7p.cif.gz | 94.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g7p.ent.gz | 74.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g7p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1g7p_validation.pdf.gz | 863.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1g7p_full_validation.pdf.gz | 870.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1g7p_validation.xml.gz | 19.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1g7p_validation.cif.gz | 28.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/1g7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/1g7p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 31648.322 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS, RESIDUES 22-295 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 株 (発現宿主): SC2 / 参照: UniProt: P01901 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11704.359 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 株 (発現宿主): SC2 / 参照: UniProt: P01887 |
-タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 282分子 P
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1089.208 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 438-446 / 由来タイプ: 合成 詳細: The 9-residue peptide of ALPHA-GLUCOSIDASE P1 was chemically synthesized 参照: GenBank: 411229, UniProt: P07265*PLUS, alpha-glucosidase |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-糖 , 2種, 2分子
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#5: 糖 | ChemComp-NAG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.15 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.25 詳細: sodium/potassium phosphate, MPD, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22.5 ℃ / 手法: unknown | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1.025 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.025 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 89041 / Num. obs: 79109 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(I): 2.06 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 33.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.467 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 82816 / % possible obs: 92.9 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82.3 % / Num. unique obs: 3649 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→23.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 712061.85 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.38 Å2 / ksol: 0.426 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→23.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.24 |