[日本語] English
万見
- PDB-1g7k: CRYSTAL STRUCTURE OF DSRED, A RED FLUORESCENT PROTEIN FROM DISCOS... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g7k
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF DSRED, A RED FLUORESCENT PROTEIN FROM DISCOSOMA SP. RED
要素FLUORESCENT PROTEIN FP583
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / Fluorescent Protein / GFP / Coral / Red / Beta Barrel / Chromophore / dsred / drFP583
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Red fluorescent protein drFP583
類似検索 - 構成要素
生物種Discosoma sp. (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yarbrough, D. / Wachter, R.M. / Kallio, K. / Matz, M.V. / Remington, S.J.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Refined crystal structure of DsRed, a red fluorescent protein from coral, at 2.0-A resolution.
著者: Yarbrough, D. / Wachter, R.M. / Kallio, K. / Matz, M.V. / Remington, S.J.
#1: ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 1999
タイトル: Fluorescent Proteins from Nonbioluminescent Anthozoa Species
著者: Matz, M.V. / Fradkov, A.F. / Labas, Y.A. / Savitsky, A.P. / Zaraisky, A.G. / Markelov, M.L. / Lukyanov, S.A.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: The Structure of the Chromophore within DsRed, a Red Fluorescent Protein from Coral
著者: Gross, L.A. / Baird, G.S. / Hoffman, R.C. / Baldridge, K.K. / Tsien, R.Y.
履歴
登録2000年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FLUORESCENT PROTEIN FP583
B: FLUORESCENT PROTEIN FP583
C: FLUORESCENT PROTEIN FP583
D: FLUORESCENT PROTEIN FP583


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2054
ポリマ－110,2054
非ポリマー00
水7,530418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9230 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area31000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.366, 112.270, 70.691
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細the full biological assembly is the homotetramer in the asymmetric unit

-
要素

#1: タンパク質
FLUORESCENT PROTEIN FP583 / DSRED


分子量: 27551.205 Da / 分子数: 4 / 変異: RESIDUES 66-68 REPLACED BY CRO / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク)
遺伝子: DRFP583 / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM-109 / 参照: UniProt: Q9U6Y8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES GLN 66, TYR 67, GLY 68 ARE MODIFIED TO MAKE THE CHROMOPHORE CRQ 66.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: PEG 4000, Tris, Beta-Mercaptoethanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7.9 / 詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12 mMbeta-mercaptoethanol1drop
2300 mM1dropNaCl
320 mMTris1drop
415 mg/mlprotein1drop
516 %PEG15501reservoir
60.1 MTris1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97887,0.97868,0.95373
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double-Crystal Si 111 crystals / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978871
20.978681
30.953731
反射解像度: 2→24.1 Å / Num. all: 56056 / Num. obs: 56056 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 10.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.026 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / % possible all: 95.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 25.1 Å / Num. obs: 56118 / Num. measured all: 232348 / Rmerge(I) obs: 0.027
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.044

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
TNT精密化
MOSFLMデータ削減
FHSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 5654 -random
Rwork0.162 ---
all0.166 60778 --
obs0.166 56328 93 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7168 0 0 418 7586
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.859
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 25.1 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.162
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る